molsysmt.element package

Subpackages

• molsysmt.element.atom package
  • Submodules
  • molsysmt.element.atom.acceptors module
  • molsysmt.element.atom.charges module
  • molsysmt.element.atom.donors module
  • molsysmt.element.atom.get_atom_type_from_atom_name module
    • get_atom_type_from_atom_name()
  • molsysmt.element.atom.names module
  • molsysmt.element.atom.names_cg module
  • Module contents
• molsysmt.element.bond package
  • Submodules
  • molsysmt.element.bond.max_expected_bond_length module
  • Module contents
• molsysmt.element.chain package
  • Submodules
  • molsysmt.element.chain.chain_names module
  • molsysmt.element.chain.get_chain_id module
    • get_chain_id()
  • molsysmt.element.chain.get_chain_index module
    • get_chain_index()
  • molsysmt.element.chain.get_chain_name module
    • get_chain_name()
  • molsysmt.element.chain.get_chain_type module
    • get_chain_type()
  • Module contents
• molsysmt.element.component package
  • Submodules
  • molsysmt.element.component.get_component_id module
    • get_component_id()
  • molsysmt.element.component.get_component_index module
    • get_component_index()
  • molsysmt.element.component.get_component_name module
    • get_component_name()
  • molsysmt.element.component.get_component_type module
    • get_component_type()
  • molsysmt.element.component.get_n_components module
    • get_n_components()
  • molsysmt.element.component.is_component_type module
    • is_component_type()
  • Module contents
• molsysmt.element.entity package
  • Subpackages
    • molsysmt.element.entity.disaccharide package
      • Module contents
    • molsysmt.element.entity.monosaccharide package
      • Module contents
  • Submodules
  • molsysmt.element.entity.get_entity_id module
    • get_entity_id()
  • molsysmt.element.entity.get_entity_index module
    • get_entity_index()
  • molsysmt.element.entity.get_entity_name module
    • get_entity_name()
  • molsysmt.element.entity.get_entity_type module
    • get_entity_type()
  • molsysmt.element.entity.get_n_entities module
    • get_n_entities()
  • Module contents
• molsysmt.element.group package
  • Subpackages
    • molsysmt.element.group.amino_acid package
      • Submodules
      • molsysmt.element.group.amino_acid.get_1_letter_code_from_name module
      • molsysmt.element.group.amino_acid.get_bonded_atom_pairs module
      • molsysmt.element.group.amino_acid.get_group_db module
      • molsysmt.element.group.amino_acid.get_group_type_from_group_name module
      • molsysmt.element.group.amino_acid.group_names module
      • molsysmt.element.group.amino_acid.group_types module
      • molsysmt.element.group.amino_acid.is_amino_acid module
      • Module contents
    • molsysmt.element.group.ion package
      • Submodules
      • molsysmt.element.group.ion.get_bonded_atom_pairs module
      • molsysmt.element.group.ion.get_group_db module
      • molsysmt.element.group.ion.group_names module
      • molsysmt.element.group.ion.is_ion module
      • Module contents
    • molsysmt.element.group.lipid package
      • Submodules
      • molsysmt.element.group.lipid.is_lipid module
      • molsysmt.element.group.lipid.lipid_names module
      • Module contents
    • molsysmt.element.group.nucleotide package
      • Submodules
      • molsysmt.element.group.nucleotide.is_nucleotide module
      • molsysmt.element.group.nucleotide.nucleotide_names module
      • Module contents
    • molsysmt.element.group.saccharide package
      • Submodules
      • molsysmt.element.group.saccharide.get_bonded_atom_pairs module
      • molsysmt.element.group.saccharide.get_group_db module
      • molsysmt.element.group.saccharide.group_names module
      • molsysmt.element.group.saccharide.is_saccharide module
      • Module contents
    • molsysmt.element.group.small_molecule package
      • Submodules
      • molsysmt.element.group.small_molecule.get_bonded_atom_pairs module
      • molsysmt.element.group.small_molecule.get_group_db module
      • molsysmt.element.group.small_molecule.group_names module
      • molsysmt.element.group.small_molecule.is_small_molecule module
      • molsysmt.element.group.small_molecule.small_molecule_is_amino_acid module
      • Module contents
    • molsysmt.element.group.terminal_capping package
      • Submodules
      • molsysmt.element.group.terminal_capping.get_bonded_atom_pairs module
      • molsysmt.element.group.terminal_capping.get_group_db module
      • molsysmt.element.group.terminal_capping.group_names module
      • molsysmt.element.group.terminal_capping.is_c_terminal_capping module
      • molsysmt.element.group.terminal_capping.is_n_terminal_capping module
      • molsysmt.element.group.terminal_capping.is_terminal_capping module
      • Module contents
    • molsysmt.element.group.water package
      • Submodules
      • molsysmt.element.group.water.get_bonded_atom_pairs module
      • molsysmt.element.group.water.is_water module
      • molsysmt.element.group.water.water_names module
      • Module contents
  • Submodules
  • molsysmt.element.group.get_bonded_atom_pairs module
    • get_bonded_atom_pairs()
  • molsysmt.element.group.get_group_type module
    • get_group_type()
    • get_group_type_from_group_name()
  • molsysmt.element.group.is_group_type module
    • is_group_type()
  • Module contents
• molsysmt.element.molecule package
  • Subpackages
    • molsysmt.element.molecule.disaccharide package
      • Module contents
    • molsysmt.element.molecule.dna package
      • Submodules
      • molsysmt.element.molecule.dna.names module
      • Module contents
    • molsysmt.element.molecule.ion package
      • Module contents
    • molsysmt.element.molecule.lipid package
      • Module contents
    • molsysmt.element.molecule.monosaccharide package
      • Module contents
    • molsysmt.element.molecule.peptide package
      • Module contents
    • molsysmt.element.molecule.polysaccharide package
      • Module contents
    • molsysmt.element.molecule.protein package
      • Module contents
    • molsysmt.element.molecule.rna package
      • Submodules
      • molsysmt.element.molecule.rna.names module
      • Module contents
    • molsysmt.element.molecule.small_molecule package
      • Module contents
    • molsysmt.element.molecule.water package
      • Module contents
  • Submodules
  • molsysmt.element.molecule.get_molecule_id module
    • get_molecule_id()
  • molsysmt.element.molecule.get_molecule_index module
    • get_molecule_index()
  • molsysmt.element.molecule.get_molecule_name module
    • get_molecule_name()
  • molsysmt.element.molecule.get_molecule_type module
    • get_molecule_type()
  • molsysmt.element.molecule.get_n_molecules module
    • get_n_molecules()
  • molsysmt.element.molecule.is_molecule_type module
    • is_molecule_type()
  • Module contents

Submodules

molsysmt.element.is_composed_of module

molsysmt.element.is_composed_of.is_composed_of(element_1, element_2)

Return True if element_1 contains element_2 in the MolSysMT hierarchy.

molsysmt.element.is_element module

molsysmt.element.is_element.is_element(element)

Check whether a string identifies a valid MolSysMT element (atom, group, molecule, etc.).

Module contents