molsysmt.form.molsysmt_MolSys package

Submodules

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.add module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.add.add(to_item, from_item, atom_indices='all', structure_indices='all', keep_ids=True, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.add_bonds module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.add_bonds.add_bonds(item, bonded_atom_pairs, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.append_structures module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.append_structures.append_structures(to_item, item=None, structure_id=None, time=None, coordinates=None, velocities=None, box=None, temperature=None, potential_energy=None, kinetic_energy=None, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.attributes module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.copy module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.copy.copy(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.extract module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.extract.extract(item, atom_indices='all', structure_indices='all', copy_if_all=True, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_constraints_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_cutoff_distance_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_dispersion_correction_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_ewald_error_tolerance_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_flexible_constraints_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_forcefield_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_hydrogen_mass_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_implicit_solvent_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_kappa_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_non_bonded_method_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_rigid_water_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_salt_concentration_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_solute_dielectric_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_solvent_dielectric_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_switch_distance_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes.get_water_model_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_alternate_location_from_atom(item, indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_alternate_location_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_b_factor_from_atom(item, indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_b_factor_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_bioassembly_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_box_angles_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_box_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_box_lengths_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_box_shape_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_box_volume_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_coordinates_from_atom(item, indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_coordinates_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_n_bioassemblies_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_n_structures_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_occupancy_from_atom(item, indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_occupancy_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_structure_id_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_time_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_velocities_from_atom(item, indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes.get_velocities_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_id_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_id_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_id_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_id_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_id_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_id_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_index_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_index_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_index_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_index_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_index_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_index_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_name_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_name_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_name_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_name_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_name_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_name_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_type_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_type_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_type_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_type_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_type_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_atom_type_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_bond_index_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_bond_index_from_bond(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_bond_index_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_bond_order_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_bond_order_from_bond(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_bond_type_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_bond_type_from_bond(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_bonded_atom_pairs_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_bonded_atom_pairs_from_bond(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_bonded_atom_pairs_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_bonded_atoms_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_bonded_atoms_from_bond(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_bonded_atoms_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_id_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_id_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_id_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_id_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_id_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_id_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_index_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_index_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_index_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_index_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_index_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_index_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_name_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_name_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_name_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_name_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_name_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_name_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_type_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_type_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_type_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_type_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_type_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_chain_type_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_id_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_id_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_id_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_id_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_id_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_id_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_index_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_index_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_index_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_index_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_index_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_index_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_name_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_name_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_name_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_name_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_name_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_name_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_type_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_type_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_type_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_type_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_type_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_component_type_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_id_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_id_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_id_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_id_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_id_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_id_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_index_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_index_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_index_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_index_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_index_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_index_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_name_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_name_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_name_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_name_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_name_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_name_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_type_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_type_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_type_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_type_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_type_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_entity_type_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_id_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_id_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_id_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_id_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_id_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_id_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_index_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_index_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_index_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_index_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_index_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_index_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_name_from_atom(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_name_from_chain(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_name_from_component(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_name_from_entity(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_name_from_group(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_group_name_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

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molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_n_waters_from_molecule(item, indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes.get_n_waters_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.has_attribute module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.has_attribute.has_attribute(molecular_system, attribute, include_none=False, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.is_form module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.is_form.is_form(item)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.iterators module

class molsysmt.form.molsysmt_MolSys.iterators.StructuresIterator(molecular_system, atom_indices='all', start=0, step=1, stop=None, chunk=1, structure_indices=None, output_type='values', skip_digestion=False, **kwargs)

Bases: StructuresIterator

class molsysmt.form.molsysmt_MolSys.iterators.TopologyIterator(molecular_system, element='atom', indices='all', start=0, step=1, stop=None, chunk=1, output_type='values', skip_digestion=False, **kwargs)

Bases: TopologyIterator

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.merge module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.merge.merge(items, atom_indices='all', structure_indices='all', keep_ids=True, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_alternate_location_from_atom(item, indices='all', structure_indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_alternate_location_from_system(item, structure_indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_atom_id_from_atom(item, indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_atom_id_from_chain(item, indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_atom_id_from_component(item, indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_atom_id_from_entity(item, indices='all')

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molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_n_structures_from_system(item, structure_indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_n_waters_from_atom(item, indices='all')

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molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_n_waters_from_component(item, indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_n_waters_from_entity(item, indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_n_waters_from_group(item, indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_n_waters_from_molecule(item, indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_n_waters_from_system(item)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_non_bonded_method_from_system(item)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_occupancy_from_atom(item, indices='all', structure_indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_occupancy_from_system(item, structure_indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_partial_charge_from_atom(item, indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_rigid_water_from_system(item)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_salt_concentration_from_system(item)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_solute_dielectric_from_system(item)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_solvent_dielectric_from_system(item)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_structure_id_from_system(item, structure_indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_switch_distance_from_system(item)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_time_from_system(item, structure_indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_velocities_from_atom(item, indices='all', structure_indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_velocities_from_system(item, structure_indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get.get_water_model_from_system(item)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.remove_bonds module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.remove_bonds.remove_bonds(item, bond_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_atom_id_to_atom(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_atom_index_to_atom(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_atom_name_to_atom(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_atom_type_to_atom(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_b_factor_to_atom(item, indices='all', structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_box_to_system(item, structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_chain_id_to_atom(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_chain_id_to_chain(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

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molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_chain_id_to_group(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

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molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_chain_name_to_molecule(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

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molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_constraints_to_system(item, value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_coordinates_to_atom(item, indices='all', structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_coordinates_to_system(item, structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_cutoff_distance_to_system(item, value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_dispersion_correction_to_system(item, value=None, skip_digestion=False)

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molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_forcefield_to_system(item, value=None, skip_digestion=False)

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molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_molecule_name_to_chain(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_molecule_name_to_component(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_molecule_name_to_group(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_molecule_name_to_molecule(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_molecule_type_to_atom(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_molecule_type_to_chain(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_molecule_type_to_component(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_molecule_type_to_group(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_molecule_type_to_molecule(item, indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_non_bonded_method_to_system(item, value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_occupancy_to_atom(item, indices='all', structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_rigid_water_to_system(item, value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_salt_concentration_to_system(item, value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_solute_dielectric_to_system(item, value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_solvent_dielectric_to_system(item, value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_structure_id_to_system(item, structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_switch_distance_to_system(item, value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_time_to_system(item, structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_velocities_to_atom(item, indices='all', structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set.set_water_model_to_system(item, value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_XYZ module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_XYZ.to_XYZ(item, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_biopython_Seq module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_biopython_Seq.to_biopython_Seq(item, group_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_biopython_SeqRecord module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_biopython_SeqRecord.to_biopython_SeqRecord(item, atom_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_file_h5msm module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_file_h5msm.to_file_h5msm(item, atom_indices='all', structure_indices='all', output_filename=None, compression='gzip', compression_opts=4, int_precision='single', float_precision='single', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_file_msmpk module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_file_msmpk.to_file_msmpk(item, atom_indices='all', structure_indices='all', output_filename=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_file_pdb module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_file_pdb.to_file_pdb(item, atom_indices='all', structure_indices='all', output_filename=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_file_psf module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_file_psf.to_file_psf(item, atom_indices='all', output_filename=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_mdtraj_Topology module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_mdtraj_Topology.to_mdtraj_Topology(item, atom_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_mdtraj_Trajectory module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_mdtraj_Trajectory.to_mdtraj_Trajectory(item, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_MolSys module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_MolSys.to_molsysmt_MolSys(item, atom_indices='all', structure_indices='all', copy_if_all=True, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_MolecularMechanics module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_MolecularMechanics.to_molsysmt_MolecularMechanics(item, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_MolecularMechanicsDict module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_MolecularMechanicsDict.to_molsysmt_MolecularMechanicsDict(item, atom_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_Structures module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_Structures.to_molsysmt_Structures(item, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_Topology module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_Topology.to_molsysmt_Topology(item, atom_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_networkx_Graph module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_networkx_Graph.to_networkx_Graph(item, atom_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_nglview_NGLWidget module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_nglview_NGLWidget.to_nglview_NGLWidget(item, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_Context module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_Context.to_openmm_Context(item, atom_indices='all', structure_indices='all', forcefield='AMBER14', water_model=None, implicit_solvent=None, non_bonded_method='no cutoff', constraints='hbonds', switch_distance=None, dispersion_correction=False, ewald_error_tolerance=0.0005, integrator='Langevin', temperature='300.0 kelvin', friction='1.0/picoseconds', time_step='2 femtoseconds', platform='CUDA', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_Modeller module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_Modeller.to_openmm_Modeller(item, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_Simulation module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_Simulation.to_openmm_Simulation(item, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_System module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_System.to_openmm_System(item, atom_indices='all', structure_indices='all', forcefield='AMBER14', water_model=None, implicit_solvent=None, non_bonded_method='no cutoff', constraints='hbonds', switch_distance=None, dispersion_correction=False, ewald_error_tolerance=0.0005, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_Topology module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_Topology.to_openmm_Topology(item, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_parmed_Structure module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_parmed_Structure.to_parmed_Structure(item, atom_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_pdbfixer_PDBFixer module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_pdbfixer_PDBFixer.to_pdbfixer_PDBFixer(item, atom_indices='all', structure_indices='all', pdb_chain_id='chain_name', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_pytraj_Topology module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_pytraj_Topology.to_pytraj_Topology(item, atom_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_pytraj_Trajectory module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_pytraj_Trajectory.to_pytraj_Trajectory(item, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_string_amino_acids_1 module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_string_amino_acids_1.to_string_amino_acids_1(item, group_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_string_amino_acids_3 module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_string_amino_acids_3.to_string_amino_acids_3(item, group_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_string_pdb_text module

molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_string_pdb_text.to_string_pdb_text(item, atom_indices='all', structure_indices='all', pdb_chain_id='chain_name', skip_digestion=False)

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