molsysmt.lib.pbc package#

Submodules#

molsysmt.lib.pbc.box_is_orthogonal module#

molsysmt.lib.pbc.box_is_orthogonal.box_is_orthogonal(box)[source]#

molsysmt.lib.pbc.box_is_orthogonal.box_is_orthogonal_single_structure(box)[source]#

molsysmt.lib.pbc.get_angles_from_box module#

molsysmt.lib.pbc.get_angles_from_box.get_angles_from_box(box)[source]#

molsysmt.lib.pbc.get_angles_from_box.get_angles_from_box_single_structure(box)[source]#

molsysmt.lib.pbc.get_box_from_lengths_and_angles module#

molsysmt.lib.pbc.get_box_from_lengths_and_angles.get_box_from_lengths_and_angles(lengths, angles)[source]#

molsysmt.lib.pbc.get_box_from_lengths_and_angles.get_box_from_lengths_and_angles_single_structure(lengths, angles)[source]#

molsysmt.lib.pbc.get_lengths_and_angles_from_box module#

molsysmt.lib.pbc.get_lengths_and_angles_from_box.get_lengths_and_angles_from_box(box)[source]#

molsysmt.lib.pbc.get_lengths_and_angles_from_box.get_lengths_and_angles_from_box_single_structure(box)[source]#

molsysmt.lib.pbc.get_lengths_from_box module#

molsysmt.lib.pbc.get_lengths_from_box.get_lengths_from_box(box)[source]#

molsysmt.lib.pbc.get_lengths_from_box.get_lengths_from_box_single_structure(box)[source]#

molsysmt.lib.pbc.unwrap module#

molsysmt.lib.pbc.unwrap.unwrap(coordinates, box)[source]#

molsysmt.lib.pbc.wrap_to_mic module#

molsysmt.lib.pbc.wrap_to_mic.wrap_to_mic(coordinates, box, mic_origin)[source]#

molsysmt.lib.pbc.wrap_to_mic.wrap_to_mic_vector_single_structure(vector, box, inv_box, orthogonal)[source]#

molsysmt.lib.pbc.wrap_to_pbc module#

molsysmt.lib.pbc.wrap_to_pbc.wrap_to_pbc(coordinates, box, box_origin)[source]#

molsysmt.lib.pbc.wrap_to_pbc.wrap_to_pbc_center(coordinates, box, box_center)[source]#

molsysmt.lib.pbc.wrap_to_pbc.wrap_to_pbc_center_vector_single_structure(vector, box, inv_box, orthogonal)[source]#

molsysmt.lib.pbc.wrap_to_pbc.wrap_to_pbc_vector_single_structure(vector, box, inv_box, orthogonal)[source]#

Module contents#