molsysmt.form.molsysmt_Structures package

Submodules

molsysmt.form.molsysmt_Structures.add module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.add.add(to_item, item, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.append_structures module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.append_structures.append_structures(to_item, item=None, id=None, time=None, coordinates=None, velocities=None, box=None, temperature=None, potential_energy=None, kinetic_energy=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.attributes module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.copy module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.copy.copy(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.extract module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.extract.extract(item, atom_indices='all', structure_indices='all', copy_if_all=True, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_alternate_location_from_atom(item, indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_alternate_location_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_b_factor_from_atom(item, indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_b_factor_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_bioassembly_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_box_angles_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_box_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_box_lengths_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_box_shape_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_box_volume_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_coordinates_from_atom(item, indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_coordinates_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_n_atoms_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_n_bioassemblies_from_system(item, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_n_structures_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_occupancy_from_atom(item, indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_occupancy_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_structure_id_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_time_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_velocities_from_atom(item, indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes.get_velocities_from_system(item, structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.has_attribute module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.has_attribute.has_attribute(molecular_system, attribute, include_none=False, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.is_form module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.is_form.is_form(item)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.iterators module

class molsysmt.form.molsysmt_Structures.iterators.StructuresIterator(molecular_system, atom_indices='all', start=0, stop=None, step=1, chunk=1, structure_indices=None, output_type='values', skip_digestion=False, **kwargs)

Bases: object

molsysmt.form.molsysmt_Structures.merge module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.merge.merge(items, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.set module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.set.set_b_factor_to_atom(item, indices='all', structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.set.set_box_to_system(item, structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.set.set_coordinates_to_atom(item, indices='all', structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.set.set_coordinates_to_system(item, indices='all', structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.set.set_occupancy_to_atom(item, indices='all', structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.set.set_structure_id_to_system(item, structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.set.set_time_to_system(item, structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.set.set_velocities_to_atom(item, indices='all', structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.set.set_velocities_to_system(item, indices='all', structure_indices='all', value=None, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_XYZ module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_XYZ.to_XYZ(item, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_file_h5msm module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_file_h5msm.dump_structures_to_h5msm(item, file, atom_indices='all', structure_indices='all')

molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_file_h5msm.to_file_h5msm(item, atom_indices='all', structure_indices='all', output_filename=None, compression='gzip', compression_opts=4, int_precision='single', float_precision='single', skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_molsysmt_Structures module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_molsysmt_Structures.to_molsysmt_Structures(item, atom_indices='all', structure_indices='all', copy_if_all=True, skip_digestion=False)

molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_molsysmt_StructuresDict module

molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_molsysmt_StructuresDict.to_molsysmt_StructuresDict(item, atom_indices='all', structure_indices='all', skip_digestion=False)

Module contents