Add forbidden plane region#
import molsysmt as msm
import openmm as mm
from openmm import unit
from openmm import app
from tqdm import tqdm
import numpy as np
from matplotlib import pyplot as plt
system = mm.System()
system.addParticle(39.948 * unit.amu) # masa del átomo de argón
0
msm.thirds.openmm.forces.add_forbidden_plane_region(system, point='[1.0, 0.0, 0.0] nm', normal_vector=[1,0,0],
width='1.5 nm', force_constant = '5000 kilojoules/(mol*angstroms**2)',
pbc=True)
0
# Formalismo NVT
temperature = 300*unit.kelvin
integration_timestep = 2.0*unit.femtoseconds
saving_timestep = 1.00*unit.picoseconds
simulation_time = 1000.*unit.picoseconds
saving_steps = int(saving_timestep/integration_timestep)
num_saving_steps = int(simulation_time/saving_timestep)
friction = 5.0/unit.picoseconds
integrator = mm.LangevinIntegrator(temperature, friction, integration_timestep)
platform = mm.Platform.getPlatformByName('OpenCL')
times = np.zeros(num_saving_steps, np.float32) * unit.picoseconds
positions = np.zeros([num_saving_steps,3], np.float32) * unit.nanometers
velocities = np.zeros([num_saving_steps,3], np.float32) * unit.nanometers/unit.picosecond
potential_energies = np.zeros([num_saving_steps], np.float32) * unit.kilocalories_per_mole
kinetic_energies = np.zeros([num_saving_steps], np.float32) * unit.kilocalories_per_mole
initial_positions = [[2.0, 0.0, 0.0]] * unit.nanometers
context = mm.Context(system, integrator, platform)
context.setPositions(initial_positions)
L = 2.0
v1 = [L,0,0] * unit.nanometers
v2 = [0,L,0] * unit.nanometers
v3 = [0,0,L] * unit.nanometers
L = L * unit.nanometers
context.setPeriodicBoxVectors(v1, v2, v3)
state = context.getState(getEnergy=True, getPositions=True, getVelocities=True)
times[0] = state.getTime()
positions[0] = state.getPositions()[0]
velocities[0] = state.getVelocities()[0]
kinetic_energies[0]=state.getKineticEnergy()
potential_energies[0]=state.getPotentialEnergy()
for ii in tqdm(range(1,num_saving_steps)):
context.getIntegrator().step(saving_steps)
state_xx = context.getState(getEnergy=True, getPositions=True, getVelocities=True)
times[ii] = state_xx.getTime()
positions[ii] = state_xx.getPositions()[0]
velocities[ii] = state_xx.getVelocities()[0]
kinetic_energies[ii]=state_xx.getKineticEnergy()
potential_energies[ii]=state_xx.getPotentialEnergy()
0%| | 0/999 [00:00<?, ?it/s]
0%|▌ | 4/999 [00:00<00:29, 34.10it/s]
1%|█▎ | 10/999 [00:00<00:22, 44.89it/s]
2%|██ | 15/999 [00:00<00:22, 44.69it/s]
2%|██▋ | 20/999 [00:00<00:21, 45.73it/s]
3%|███▍ | 25/999 [00:00<00:20, 46.87it/s]
3%|████▏ | 31/999 [00:00<00:19, 50.24it/s]
4%|█████ | 37/999 [00:00<00:19, 48.67it/s]
4%|█████▊ | 43/999 [00:00<00:18, 50.81it/s]
5%|██████▌ | 49/999 [00:00<00:17, 52.89it/s]
6%|███████▍ | 55/999 [00:01<00:18, 50.83it/s]
6%|████████▏ | 61/999 [00:01<00:21, 43.98it/s]
7%|████████▉ | 66/999 [00:01<00:22, 40.65it/s]
7%|█████████▌ | 71/999 [00:01<00:23, 39.14it/s]
8%|██████████▎ | 76/999 [00:01<00:28, 32.83it/s]
8%|██████████▊ | 80/999 [00:01<00:27, 33.24it/s]
8%|███████████▎ | 84/999 [00:02<00:27, 33.60it/s]
9%|███████████▉ | 88/999 [00:02<00:27, 33.26it/s]
9%|████████████▍ | 92/999 [00:02<00:26, 34.48it/s]
10%|████████████▉ | 96/999 [00:02<00:26, 34.32it/s]
10%|█████████████▍ | 100/999 [00:02<00:25, 34.60it/s]
10%|█████████████▉ | 104/999 [00:02<00:25, 34.60it/s]
11%|██████████████▍ | 108/999 [00:02<00:25, 34.56it/s]
11%|███████████████ | 112/999 [00:02<00:26, 33.41it/s]
12%|███████████████▌ | 116/999 [00:02<00:25, 34.06it/s]
12%|████████████████ | 120/999 [00:03<00:25, 35.01it/s]
12%|████████████████▋ | 124/999 [00:03<00:25, 34.54it/s]
13%|█████████████████▏ | 128/999 [00:03<00:25, 34.78it/s]
13%|█████████████████▋ | 132/999 [00:03<00:24, 35.82it/s]
14%|██████████████████▏ | 136/999 [00:03<00:24, 35.52it/s]
14%|██████████████████▊ | 140/999 [00:03<00:24, 35.27it/s]
14%|███████████████████▎ | 144/999 [00:03<00:24, 34.99it/s]
15%|███████████████████▊ | 148/999 [00:03<00:24, 34.83it/s]
15%|████████████████████▍ | 152/999 [00:03<00:24, 34.81it/s]
16%|████████████████████▉ | 156/999 [00:04<00:24, 34.75it/s]
16%|█████████████████████▍ | 160/999 [00:04<00:24, 34.69it/s]
16%|█████████████████████▉ | 164/999 [00:04<00:24, 34.66it/s]
17%|██████████████████████▌ | 168/999 [00:04<00:23, 34.77it/s]
17%|███████████████████████ | 172/999 [00:04<00:30, 27.44it/s]
18%|███████████████████████▌ | 176/999 [00:04<00:28, 28.99it/s]
18%|████████████████████████▏ | 180/999 [00:04<00:27, 30.28it/s]
18%|████████████████████████▋ | 184/999 [00:05<00:26, 31.28it/s]
19%|█████████████████████████▏ | 188/999 [00:05<00:27, 29.00it/s]
19%|█████████████████████████▊ | 192/999 [00:05<00:27, 28.92it/s]
20%|██████████████████████████▏ | 195/999 [00:05<00:31, 25.55it/s]
20%|███████████████████████████ | 202/999 [00:05<00:23, 34.53it/s]
21%|███████████████████████████▉ | 208/999 [00:05<00:19, 40.50it/s]
21%|████████████████████████████▌ | 213/999 [00:05<00:19, 40.95it/s]
22%|█████████████████████████████▍ | 219/999 [00:05<00:17, 45.70it/s]
23%|██████████████████████████████▏ | 225/999 [00:06<00:15, 49.11it/s]
23%|██████████████████████████████▉ | 231/999 [00:06<00:14, 51.87it/s]
24%|███████████████████████████████▊ | 237/999 [00:06<00:16, 47.30it/s]
24%|████████████████████████████████▍ | 242/999 [00:06<00:17, 43.55it/s]
25%|█████████████████████████████████▏ | 247/999 [00:06<00:17, 42.14it/s]
25%|█████████████████████████████████▊ | 252/999 [00:06<00:18, 41.14it/s]
26%|██████████████████████████████████▍ | 257/999 [00:06<00:18, 40.46it/s]
26%|███████████████████████████████████▏ | 262/999 [00:07<00:22, 32.78it/s]
27%|███████████████████████████████████▋ | 266/999 [00:07<00:23, 31.43it/s]
27%|████████████████████████████████████▏ | 270/999 [00:07<00:22, 32.06it/s]
27%|████████████████████████████████████▊ | 274/999 [00:07<00:22, 32.77it/s]
28%|█████████████████████████████████████▎ | 278/999 [00:07<00:24, 29.06it/s]
28%|█████████████████████████████████████▊ | 282/999 [00:07<00:23, 30.47it/s]
29%|██████████████████████████████████████▎ | 286/999 [00:07<00:22, 31.65it/s]
29%|███████████████████████████████████████▏ | 292/999 [00:07<00:18, 37.37it/s]
30%|███████████████████████████████████████▉ | 298/999 [00:08<00:17, 40.36it/s]
30%|████████████████████████████████████████▋ | 303/999 [00:08<00:18, 38.28it/s]
31%|█████████████████████████████████████████▏ | 307/999 [00:08<00:21, 32.36it/s]
31%|█████████████████████████████████████████▋ | 311/999 [00:08<00:24, 28.60it/s]
32%|██████████████████████████████████████████▍ | 316/999 [00:08<00:20, 33.11it/s]
32%|██████████████████████████████████████████▉ | 320/999 [00:08<00:19, 34.04it/s]
32%|███████████████████████████████████████████▍ | 324/999 [00:08<00:21, 31.23it/s]
33%|███████████████████████████████████████████▉ | 328/999 [00:09<00:25, 26.45it/s]
33%|████████████████████████████████████████████▍ | 331/999 [00:09<00:25, 26.61it/s]
34%|████████████████████████████████████████████▉ | 335/999 [00:09<00:23, 28.63it/s]
34%|█████████████████████████████████████████████▍ | 339/999 [00:09<00:21, 30.16it/s]
34%|██████████████████████████████████████████████ | 343/999 [00:09<00:20, 31.37it/s]
35%|██████████████████████████████████████████████▌ | 347/999 [00:09<00:20, 32.29it/s]
35%|███████████████████████████████████████████████ | 351/999 [00:09<00:19, 33.16it/s]
36%|███████████████████████████████████████████████▌ | 355/999 [00:09<00:18, 34.45it/s]
36%|████████████████████████████████████████████████▏ | 359/999 [00:10<00:18, 35.48it/s]
37%|████████████████████████████████████████████████▉ | 365/999 [00:10<00:15, 39.76it/s]
37%|█████████████████████████████████████████████████▍ | 369/999 [00:10<00:16, 38.13it/s]
37%|██████████████████████████████████████████████████ | 373/999 [00:10<00:18, 34.03it/s]
38%|██████████████████████████████████████████████████▌ | 377/999 [00:10<00:20, 30.30it/s]
38%|███████████████████████████████████████████████████ | 381/999 [00:10<00:19, 31.34it/s]
39%|███████████████████████████████████████████████████▋ | 385/999 [00:10<00:19, 32.09it/s]
39%|████████████████████████████████████████████████████▏ | 389/999 [00:10<00:18, 32.66it/s]
39%|████████████████████████████████████████████████████▋ | 393/999 [00:11<00:18, 33.20it/s]
40%|█████████████████████████████████████████████████████▎ | 397/999 [00:11<00:17, 33.47it/s]
40%|█████████████████████████████████████████████████████▊ | 401/999 [00:11<00:17, 33.81it/s]
41%|██████████████████████████████████████████████████████▎ | 405/999 [00:11<00:17, 33.86it/s]
41%|██████████████████████████████████████████████████████▊ | 409/999 [00:11<00:17, 33.99it/s]
41%|███████████████████████████████████████████████████████▍ | 413/999 [00:11<00:17, 34.08it/s]
42%|███████████████████████████████████████████████████████▉ | 417/999 [00:11<00:17, 34.11it/s]
42%|████████████████████████████████████████████████████████▍ | 421/999 [00:11<00:16, 34.24it/s]
43%|█████████████████████████████████████████████████████████ | 425/999 [00:11<00:16, 34.52it/s]
43%|█████████████████████████████████████████████████████████▌ | 429/999 [00:12<00:18, 30.04it/s]
43%|██████████████████████████████████████████████████████████ | 433/999 [00:12<00:18, 31.20it/s]
44%|██████████████████████████████████████████████████████████▌ | 437/999 [00:12<00:19, 28.72it/s]
44%|███████████████████████████████████████████████████████████▏ | 441/999 [00:12<00:18, 29.64it/s]
45%|███████████████████████████████████████████████████████████▋ | 445/999 [00:12<00:17, 30.78it/s]
45%|████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 449/999 [00:12<00:17, 30.98it/s]
45%|████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 453/999 [00:12<00:18, 29.24it/s]
46%|█████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 456/999 [00:13<00:20, 26.78it/s]
46%|█████████████████████████████████████████████████████████████▋ | 460/999 [00:13<00:18, 28.86it/s]
46%|██████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 464/999 [00:13<00:17, 29.93it/s]
47%|██████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 468/999 [00:13<00:16, 31.27it/s]
47%|███████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 472/999 [00:13<00:16, 32.16it/s]
48%|███████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 476/999 [00:13<00:15, 33.00it/s]
48%|████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 480/999 [00:13<00:15, 33.18it/s]
48%|████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 484/999 [00:13<00:15, 33.62it/s]
49%|█████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 488/999 [00:14<00:15, 34.04it/s]
49%|█████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 492/999 [00:14<00:14, 34.13it/s]
50%|██████████████████████████████████████████████████████████████████▌ | 496/999 [00:14<00:14, 34.42it/s]
50%|███████████████████████████████████████████████████████████████████ | 500/999 [00:14<00:14, 34.37it/s]
50%|███████████████████████████████████████████████████████████████████▌ | 504/999 [00:14<00:14, 34.49it/s]
51%|████████████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 508/999 [00:14<00:14, 34.55it/s]
51%|████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 513/999 [00:14<00:12, 38.02it/s]
52%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 517/999 [00:14<00:13, 36.76it/s]
52%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 521/999 [00:14<00:13, 35.98it/s]
53%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 525/999 [00:15<00:13, 35.62it/s]
53%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 529/999 [00:15<00:13, 35.81it/s]
53%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 533/999 [00:15<00:13, 34.45it/s]
54%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 537/999 [00:15<00:13, 35.12it/s]
54%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████▌ | 541/999 [00:15<00:12, 36.04it/s]
55%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 545/999 [00:15<00:12, 35.19it/s]
55%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋ | 549/999 [00:15<00:12, 35.73it/s]
55%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 553/999 [00:15<00:12, 35.95it/s]
56%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋ | 557/999 [00:15<00:12, 36.75it/s]
56%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 561/999 [00:16<00:11, 37.29it/s]
57%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 565/999 [00:16<00:11, 37.73it/s]
57%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 569/999 [00:16<00:11, 38.04it/s]
57%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 573/999 [00:16<00:11, 38.10it/s]
58%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 577/999 [00:16<00:14, 30.10it/s]
58%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 581/999 [00:16<00:13, 31.45it/s]
59%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 585/999 [00:16<00:12, 33.34it/s]
59%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 589/999 [00:16<00:11, 34.75it/s]
59%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋ | 594/999 [00:17<00:10, 37.25it/s]
60%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 600/999 [00:17<00:09, 43.14it/s]
61%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 606/999 [00:17<00:08, 47.31it/s]
61%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 611/999 [00:17<00:09, 42.51it/s]
62%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋ | 616/999 [00:17<00:09, 39.82it/s]
62%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 621/999 [00:17<00:09, 38.53it/s]
63%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 625/999 [00:17<00:09, 37.98it/s]
63%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▌ | 630/999 [00:17<00:09, 39.63it/s]
64%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 636/999 [00:17<00:08, 44.88it/s]
64%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 641/999 [00:18<00:08, 41.39it/s]
65%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋ | 646/999 [00:18<00:09, 39.18it/s]
65%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 651/999 [00:18<00:09, 37.77it/s]
66%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 655/999 [00:18<00:09, 36.73it/s]
66%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 659/999 [00:18<00:10, 31.41it/s]
66%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 663/999 [00:18<00:10, 32.10it/s]
67%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▌ | 668/999 [00:18<00:09, 34.93it/s]
67%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 674/999 [00:19<00:08, 40.39it/s]
68%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 680/999 [00:19<00:07, 45.33it/s]
69%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 686/999 [00:19<00:06, 48.92it/s]
69%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 692/999 [00:19<00:07, 42.86it/s]
70%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 697/999 [00:19<00:07, 40.38it/s]
70%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 702/999 [00:19<00:07, 38.56it/s]
71%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 707/999 [00:19<00:07, 37.43it/s]
71%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 711/999 [00:19<00:07, 36.65it/s]
72%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 715/999 [00:20<00:07, 36.23it/s]
72%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 719/999 [00:20<00:07, 35.73it/s]
72%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 724/999 [00:20<00:06, 39.34it/s]
73%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 730/999 [00:20<00:06, 43.07it/s]
74%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▌ | 735/999 [00:20<00:05, 44.52it/s]
74%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 740/999 [00:20<00:06, 40.68it/s]
75%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 745/999 [00:20<00:06, 36.82it/s]
75%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 749/999 [00:20<00:06, 37.22it/s]
75%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 753/999 [00:21<00:06, 37.55it/s]
76%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▌ | 757/999 [00:21<00:06, 37.30it/s]
76%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 761/999 [00:21<00:06, 36.30it/s]
77%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▌ | 765/999 [00:21<00:06, 35.53it/s]
77%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 769/999 [00:21<00:06, 35.27it/s]
77%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋ | 773/999 [00:21<00:06, 35.64it/s]
78%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 777/999 [00:21<00:06, 34.76it/s]
78%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 781/999 [00:21<00:06, 34.58it/s]
79%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 785/999 [00:21<00:06, 34.69it/s]
79%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 789/999 [00:22<00:05, 35.50it/s]
79%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 793/999 [00:22<00:06, 29.66it/s]
80%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 798/999 [00:22<00:06, 33.14it/s]
80%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▌ | 802/999 [00:22<00:05, 34.59it/s]
81%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 806/999 [00:22<00:05, 35.49it/s]
81%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋ | 810/999 [00:22<00:05, 36.29it/s]
81%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 814/999 [00:22<00:05, 36.82it/s]
82%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋ | 818/999 [00:22<00:05, 35.77it/s]
82%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 822/999 [00:23<00:04, 35.75it/s]
83%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 826/999 [00:23<00:04, 36.04it/s]
83%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 830/999 [00:23<00:04, 35.97it/s]
83%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 834/999 [00:23<00:04, 36.20it/s]
84%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 838/999 [00:23<00:04, 36.26it/s]
84%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 842/999 [00:23<00:04, 35.81it/s]
85%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 846/999 [00:23<00:04, 35.91it/s]
85%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 850/999 [00:23<00:04, 36.00it/s]
85%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▌ | 854/999 [00:23<00:04, 35.50it/s]
86%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 858/999 [00:24<00:04, 34.95it/s]
86%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 864/999 [00:24<00:03, 39.99it/s]
87%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋ | 870/999 [00:24<00:02, 43.33it/s]
88%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 875/999 [00:24<00:02, 42.01it/s]
88%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 880/999 [00:24<00:02, 41.05it/s]
89%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋ | 885/999 [00:24<00:02, 39.49it/s]
89%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 889/999 [00:24<00:02, 38.52it/s]
89%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 893/999 [00:24<00:02, 37.24it/s]
90%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 897/999 [00:25<00:02, 36.49it/s]
90%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 901/999 [00:25<00:02, 35.79it/s]
91%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 905/999 [00:25<00:02, 35.44it/s]
91%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 909/999 [00:25<00:02, 35.42it/s]
91%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 913/999 [00:25<00:02, 35.29it/s]
92%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 917/999 [00:25<00:02, 35.09it/s]
92%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▌ | 921/999 [00:25<00:02, 31.39it/s]
93%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 925/999 [00:25<00:02, 31.64it/s]
93%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▌ | 929/999 [00:25<00:02, 33.46it/s]
93%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 933/999 [00:26<00:01, 34.72it/s]
94%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋ | 937/999 [00:26<00:01, 35.78it/s]
94%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▏ | 941/999 [00:26<00:01, 35.07it/s]
95%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 945/999 [00:26<00:01, 34.48it/s]
95%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 949/999 [00:26<00:01, 35.61it/s]
95%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ | 953/999 [00:26<00:01, 36.47it/s]
96%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ | 957/999 [00:26<00:01, 37.07it/s]
96%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 961/999 [00:26<00:01, 35.94it/s]
97%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▍ | 965/999 [00:26<00:00, 35.99it/s]
97%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 970/999 [00:27<00:00, 37.19it/s]
98%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▉ | 976/999 [00:27<00:00, 42.89it/s]
98%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▌ | 981/999 [00:27<00:00, 38.66it/s]
99%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ | 985/999 [00:27<00:00, 37.48it/s]
99%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋ | 989/999 [00:27<00:00, 36.57it/s]
99%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▏| 993/999 [00:27<00:00, 35.76it/s]
100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋| 997/999 [00:27<00:00, 35.28it/s]
100%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 999/999 [00:27<00:00, 35.83it/s]
plt.plot(times, positions[:,0])
plt.axhline(y=2.25, color='red', linestyle='-')
plt.axhline(y=1.75, color='red', linestyle='-')
plt.show()
plt.plot(times, positions[:,1])
plt.plot(times, positions[:,2])
plt.show()
