molsysmt package

Subpackages

• molsysmt.attribute package
  • Submodules
  • molsysmt.attribute.attributes module
    • add_attribute()
  • molsysmt.attribute.bonds_are_required_to_get_attribute module
    • bonds_are_required_to_get_attribute()
  • molsysmt.attribute.is_attribute module
    • is_attribute()
  • molsysmt.attribute.is_mechanical_attribute module
    • is_mechanical_attribute()
  • molsysmt.attribute.is_structural_attribute module
    • is_structural_attribute()
  • molsysmt.attribute.is_topological_attribute module
    • is_topological_attribute()
  • Module contents
• molsysmt.basic package
  • Subpackages
    • molsysmt.basic.selector package
      • Submodules
      • molsysmt.basic.selector.amber module
      • molsysmt.basic.selector.mdanalysis module
      • molsysmt.basic.selector.mdtraj module
      • molsysmt.basic.selector.molsysmt module
      • molsysmt.basic.selector.molsysmt_old module
      • molsysmt.basic.selector.nglview module
      • molsysmt.basic.selector.parmed module
      • Module contents
  • Submodules
  • molsysmt.basic.add module
    • add()
  • molsysmt.basic.append_structures module
    • append_structures()
  • molsysmt.basic.are_multiple_molecular_systems module
    • are_multiple_molecular_systems()
  • molsysmt.basic.compare module
    • compare()
  • molsysmt.basic.concatenate_structures module
    • concatenate_structures()
  • molsysmt.basic.contains module
    • contains()
  • molsysmt.basic.convert module
    • convert()
  • molsysmt.basic.copy module
    • copy()
  • molsysmt.basic.extract module
    • extract()
  • molsysmt.basic.get module
    • get()
  • molsysmt.basic.get_attributes module
    • get_attributes()
  • molsysmt.basic.get_form module
    • get_form()
  • molsysmt.basic.get_label module
    • get_label()
  • molsysmt.basic.has_attribute module
    • has_attribute()
  • molsysmt.basic.info module
    • info()
  • molsysmt.basic.is_a_molecular_system module
    • is_a_molecular_system()
  • molsysmt.basic.is_composed_of module
    • is_composed_of()
  • molsysmt.basic.iterator module
    • Iterator
      • Iterator.molecular_system
      • Iterator.element
      • Iterator.indices
      • Iterator.structure_indices
      • Iterator.iterator_index
      • Iterator.arguments
      • Iterator.__iter__()
      • Iterator.__next__()
  • molsysmt.basic.merge module
    • merge()
  • molsysmt.basic.remove module
    • remove()
  • molsysmt.basic.select module
    • select()
  • molsysmt.basic.set module
    • set()
  • molsysmt.basic.view module
    • view()
  • molsysmt.basic.where_is_attribute module
    • where_is_attribute()
  • Module contents
• molsysmt.build package
  • Submodules
  • molsysmt.build.add_bonds module
    • add_bonds()
  • molsysmt.build.add_missing_bonds module
    • add_missing_bonds()
  • molsysmt.build.add_missing_heavy_atoms module
    • add_missing_heavy_atoms()
  • molsysmt.build.add_missing_hydrogens module
    • add_missing_hydrogens()
  • molsysmt.build.add_missing_terminal_cappings module
    • add_missing_terminal_cappings()
  • molsysmt.build.build_peptide module
    • build_peptide()
  • molsysmt.build.define_new_chain module
    • define_new_chain()
  • molsysmt.build.get_disulfide_bonds module
    • get_disulfide_bonds()
  • molsysmt.build.get_missing_bonds module
    • get_missing_bonds()
  • molsysmt.build.get_missing_heavy_atoms module
    • get_missing_heavy_atoms()
  • molsysmt.build.get_missing_residues module
    • get_missing_residues()
  • molsysmt.build.get_missing_terminal_cappings module
    • get_missing_terminal_cappings()
  • molsysmt.build.get_non_standard_residues module
    • get_non_standard_residues()
  • molsysmt.build.has_hydrogens module
    • has_hydrogens()
  • molsysmt.build.is_solvated module
    • is_solvated()
  • molsysmt.build.make_bioassembly module
    • make_bioassembly()
  • molsysmt.build.make_water_box module
    • make_water_box()
  • molsysmt.build.mutate module
    • mutate()
  • molsysmt.build.remove_bonds module
    • remove_bonds()
  • molsysmt.build.remove_overlapping_molecules module
    • remove_overlapping_molecules()
  • molsysmt.build.solvate module
    • solvate()
  • molsysmt.build.solve_atoms_with_alternate_location module
    • solve_atoms_with_alternate_location()
  • Module contents
• molsysmt.config package
  • Submodules
  • molsysmt.config.logging_setup module
    • setup_logging()
  • Module contents
    • set_default_quantities_form()
    • set_default_quantities_parser()
    • set_default_standard_units()
• molsysmt.element package
  • Subpackages
    • molsysmt.element.atom package
      • Submodules
      • molsysmt.element.atom.acceptors module
      • molsysmt.element.atom.charges module
      • molsysmt.element.atom.donors module
      • molsysmt.element.atom.get_atom_type_from_atom_name module
      • molsysmt.element.atom.names module
      • molsysmt.element.atom.names_cg module
      • Module contents
    • molsysmt.element.bond package
      • Submodules
      • molsysmt.element.bond.max_expected_bond_length module
      • Module contents
    • molsysmt.element.chain package
      • Submodules
      • molsysmt.element.chain.chain_names module
      • molsysmt.element.chain.get_chain_id module
      • molsysmt.element.chain.get_chain_index module
      • molsysmt.element.chain.get_chain_name module
      • molsysmt.element.chain.get_chain_type module
      • Module contents
    • molsysmt.element.component package
      • Submodules
      • molsysmt.element.component.get_component_id module
      • molsysmt.element.component.get_component_index module
      • molsysmt.element.component.get_component_name module
      • molsysmt.element.component.get_component_type module
      • molsysmt.element.component.get_n_components module
      • molsysmt.element.component.is_component_type module
      • Module contents
    • molsysmt.element.entity package
      • Subpackages
      • Submodules
      • molsysmt.element.entity.get_entity_id module
      • molsysmt.element.entity.get_entity_index module
      • molsysmt.element.entity.get_entity_name module
      • molsysmt.element.entity.get_entity_type module
      • molsysmt.element.entity.get_n_entities module
      • Module contents
    • molsysmt.element.group package
      • Subpackages
      • Submodules
      • molsysmt.element.group.get_bonded_atom_pairs module
      • molsysmt.element.group.get_group_type module
      • molsysmt.element.group.is_group_type module
      • Module contents
    • molsysmt.element.molecule package
      • Subpackages
      • Submodules
      • molsysmt.element.molecule.get_molecule_id module
      • molsysmt.element.molecule.get_molecule_index module
      • molsysmt.element.molecule.get_molecule_name module
      • molsysmt.element.molecule.get_molecule_type module
      • molsysmt.element.molecule.get_n_molecules module
      • molsysmt.element.molecule.is_molecule_type module
      • Module contents
  • Submodules
  • molsysmt.element.is_composed_of module
    • is_composed_of()
  • molsysmt.element.is_element module
    • is_element()
  • Module contents
• molsysmt.file package
  • Subpackages
    • molsysmt.file.handlers package
      • Subpackages
      • Module contents
  • Submodules
  • molsysmt.file.close module
    • close()
  • molsysmt.file.file_handler module
    • FileHandler
      • FileHandler.close()
  • molsysmt.file.get_mode module
    • get_mode()
  • molsysmt.file.is_closed module
    • is_closed()
  • molsysmt.file.is_file module
    • is_file()
  • molsysmt.file.is_opened module
    • is_opened()
  • molsysmt.file.open module
    • open()
  • Module contents
• molsysmt.form package
  • Subpackages
    • molsysmt.form.MDAnalysis_Topology package
      • Submodules
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Topology.add module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Topology.append_structures module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Topology.attributes module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Topology.copy module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Topology.extract module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Topology.get module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Topology.has_attribute module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Topology.is_form module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Topology.iterators module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Topology.merge module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Topology.set module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Topology.to_MDAnalysis_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe package
      • Submodules
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.add module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.append_structures module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.attributes module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.copy module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.extract module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.get module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.has_attribute module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.is_form module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.iterators module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.merge module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.set module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.to_MDAnalysis_Universe module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.MDAnalysis_Universe.to_nglview_NGLWidget module
      • Module contents
    • molsysmt.form.XYZ package
      • Submodules
      • molsysmt.form.XYZ.add module
      • molsysmt.form.XYZ.append_structures module
      • molsysmt.form.XYZ.attributes module
      • molsysmt.form.XYZ.copy module
      • molsysmt.form.XYZ.extract module
      • molsysmt.form.XYZ.get_rank_3_XYZ module
      • molsysmt.form.XYZ.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.XYZ.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.XYZ.has_attribute module
      • molsysmt.form.XYZ.is_form module
      • molsysmt.form.XYZ.iterators module
      • molsysmt.form.XYZ.merge module
      • molsysmt.form.XYZ.set module
      • molsysmt.form.XYZ.to_XYZ module
      • molsysmt.form.XYZ.to_file_xyznpy module
      • molsysmt.form.XYZ.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.XYZ.to_molsysmt_MolecularMechanics module
      • molsysmt.form.XYZ.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.XYZ.to_molsysmt_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.biopython_Seq package
      • Submodules
      • molsysmt.form.biopython_Seq.add module
      • molsysmt.form.biopython_Seq.attributes module
      • molsysmt.form.biopython_Seq.copy module
      • molsysmt.form.biopython_Seq.extract module
      • molsysmt.form.biopython_Seq.get module
      • molsysmt.form.biopython_Seq.has_attribute module
      • molsysmt.form.biopython_Seq.is_form module
      • molsysmt.form.biopython_Seq.iterators module
      • molsysmt.form.biopython_Seq.merge module
      • molsysmt.form.biopython_Seq.set module
      • molsysmt.form.biopython_Seq.to_biopython_Seq module
      • molsysmt.form.biopython_Seq.to_biopython_SeqRecord module
      • Module contents
    • molsysmt.form.biopython_SeqRecord package
      • Submodules
      • molsysmt.form.biopython_SeqRecord.add module
      • molsysmt.form.biopython_SeqRecord.attributes module
      • molsysmt.form.biopython_SeqRecord.extract module
      • molsysmt.form.biopython_SeqRecord.get module
      • molsysmt.form.biopython_SeqRecord.has_attribute module
      • molsysmt.form.biopython_SeqRecord.is_form module
      • molsysmt.form.biopython_SeqRecord.iterators module
      • molsysmt.form.biopython_SeqRecord.merge module
      • molsysmt.form.biopython_SeqRecord.set module
      • molsysmt.form.biopython_SeqRecord.to_biopython_SeqRecord module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_bcif package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_bcif.add module
      • molsysmt.form.file_bcif.append_structures module
      • molsysmt.form.file_bcif.attributes module
      • molsysmt.form.file_bcif.copy module
      • molsysmt.form.file_bcif.download module
      • molsysmt.form.file_bcif.extract module
      • molsysmt.form.file_bcif.get module
      • molsysmt.form.file_bcif.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_bcif.is_form module
      • molsysmt.form.file_bcif.iterators module
      • molsysmt.form.file_bcif.merge module
      • molsysmt.form.file_bcif.set module
      • molsysmt.form.file_bcif.to_file_bcif module
      • molsysmt.form.file_bcif.to_file_h5msm module
      • molsysmt.form.file_bcif.to_mmcif_PdbxContainers_DataContainer module
      • molsysmt.form.file_bcif.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_bcif.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.file_bcif.to_molsysmt_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_bcif_gz package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.add module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.append_structures module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.attributes module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.copy module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.download module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.extract module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.get module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.is_form module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.iterators module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.merge module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.set module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.to_file_bcif_gz module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.to_file_h5msm module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.to_mmcif_PdbxContainers_DataContainer module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.file_bcif_gz.to_molsysmt_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_cif package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_cif.add module
      • molsysmt.form.file_cif.append_structures module
      • molsysmt.form.file_cif.attributes module
      • molsysmt.form.file_cif.copy module
      • molsysmt.form.file_cif.download module
      • molsysmt.form.file_cif.extract module
      • molsysmt.form.file_cif.get module
      • molsysmt.form.file_cif.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_cif.is_form module
      • molsysmt.form.file_cif.iterators module
      • molsysmt.form.file_cif.merge module
      • molsysmt.form.file_cif.set module
      • molsysmt.form.file_cif.to_file_cif module
      • molsysmt.form.file_cif.to_file_h5msm module
      • molsysmt.form.file_cif.to_mmcif_PdbxContainers_DataContainer module
      • molsysmt.form.file_cif.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_cif.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.file_cif.to_molsysmt_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_cif_gz package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_cif_gz.add module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.append_structures module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.attributes module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.copy module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.download module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.extract module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.get module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.is_form module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.iterators module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.merge module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.set module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.to_file_cif_gz module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.to_file_h5msm module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.to_mmcif_PdbxContainers_DataContainer module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.file_cif_gz.to_molsysmt_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_crd package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_crd.add module
      • molsysmt.form.file_crd.append_structures module
      • molsysmt.form.file_crd.attributes module
      • molsysmt.form.file_crd.copy module
      • molsysmt.form.file_crd.extract module
      • molsysmt.form.file_crd.get module
      • molsysmt.form.file_crd.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_crd.is_form module
      • molsysmt.form.file_crd.iterators module
      • molsysmt.form.file_crd.merge module
      • molsysmt.form.file_crd.set module
      • molsysmt.form.file_crd.to_file_crd module
      • molsysmt.form.file_crd.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_crd.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.file_crd.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.file_crd.to_openmm_CharmmCrdFile module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_dcd package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_dcd.add module
      • molsysmt.form.file_dcd.append_structures module
      • molsysmt.form.file_dcd.attributes module
      • molsysmt.form.file_dcd.copy module
      • molsysmt.form.file_dcd.extract module
      • molsysmt.form.file_dcd.get module
      • molsysmt.form.file_dcd.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_dcd.is_form module
      • molsysmt.form.file_dcd.iterators module
      • molsysmt.form.file_dcd.merge module
      • molsysmt.form.file_dcd.set module
      • molsysmt.form.file_dcd.to_file_dcd module
      • molsysmt.form.file_dcd.to_mdtraj_DCDTrajectoryFile module
      • molsysmt.form.file_dcd.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_dcd.to_molsysmt_Structures module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_gro package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_gro.add module
      • molsysmt.form.file_gro.append_structures module
      • molsysmt.form.file_gro.attributes module
      • molsysmt.form.file_gro.copy module
      • molsysmt.form.file_gro.extract module
      • molsysmt.form.file_gro.get module
      • molsysmt.form.file_gro.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_gro.is_form module
      • molsysmt.form.file_gro.iterators module
      • molsysmt.form.file_gro.merge module
      • molsysmt.form.file_gro.set module
      • molsysmt.form.file_gro.to_file_gro module
      • molsysmt.form.file_gro.to_mdtraj_GroTrajectoryFile module
      • molsysmt.form.file_gro.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.file_gro.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.file_gro.to_molsysmt_GROFileHandler module
      • molsysmt.form.file_gro.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_gro.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.file_gro.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.file_gro.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.file_gro.to_openmm_GromacsGroFile module
      • molsysmt.form.file_gro.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.file_gro.to_openmm_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_h5 package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_h5.add module
      • molsysmt.form.file_h5.append_structures module
      • molsysmt.form.file_h5.attributes module
      • molsysmt.form.file_h5.copy module
      • molsysmt.form.file_h5.extract module
      • molsysmt.form.file_h5.get module
      • molsysmt.form.file_h5.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_h5.is_form module
      • molsysmt.form.file_h5.iterators module
      • molsysmt.form.file_h5.merge module
      • molsysmt.form.file_h5.set module
      • molsysmt.form.file_h5.to_file_h5 module
      • molsysmt.form.file_h5.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.file_h5.to_mdtraj_HDF5TrajectoryFile module
      • molsysmt.form.file_h5.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.file_h5.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.file_h5.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_h5.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.file_h5.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.file_h5.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.file_h5.to_openmm_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_h5msm package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_h5msm.add module
      • molsysmt.form.file_h5msm.append_structures module
      • molsysmt.form.file_h5msm.attributes module
      • molsysmt.form.file_h5msm.copy module
      • molsysmt.form.file_h5msm.extract module
      • molsysmt.form.file_h5msm.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.file_h5msm.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.file_h5msm.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_h5msm.is_form module
      • molsysmt.form.file_h5msm.iterators module
      • molsysmt.form.file_h5msm.merge module
      • molsysmt.form.file_h5msm.set module
      • molsysmt.form.file_h5msm.to_file_h5msm module
      • molsysmt.form.file_h5msm.to_molsysmt_H5MSMFileHandler module
      • molsysmt.form.file_h5msm.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_h5msm.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.file_h5msm.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.file_h5msm.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.file_h5msm.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.file_h5msm.to_string_amino_acids_3 module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_inpcrd package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_inpcrd.add module
      • molsysmt.form.file_inpcrd.append_structures module
      • molsysmt.form.file_inpcrd.attributes module
      • molsysmt.form.file_inpcrd.copy module
      • molsysmt.form.file_inpcrd.extract module
      • molsysmt.form.file_inpcrd.get module
      • molsysmt.form.file_inpcrd.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_inpcrd.is_form module
      • molsysmt.form.file_inpcrd.iterators module
      • molsysmt.form.file_inpcrd.merge module
      • molsysmt.form.file_inpcrd.set module
      • molsysmt.form.file_inpcrd.to_file_inpcrd module
      • molsysmt.form.file_inpcrd.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.file_inpcrd.to_openmm_AmberInpcrdFile module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_mmtf package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_mmtf.add module
      • molsysmt.form.file_mmtf.append_structures module
      • molsysmt.form.file_mmtf.attributes module
      • molsysmt.form.file_mmtf.copy module
      • molsysmt.form.file_mmtf.download module
      • molsysmt.form.file_mmtf.extract module
      • molsysmt.form.file_mmtf.get module
      • molsysmt.form.file_mmtf.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_mmtf.is_form module
      • molsysmt.form.file_mmtf.iterators module
      • molsysmt.form.file_mmtf.merge module
      • molsysmt.form.file_mmtf.set module
      • molsysmt.form.file_mmtf.to_MDAnalysis_Universe module
      • molsysmt.form.file_mmtf.to_file_mmtf module
      • molsysmt.form.file_mmtf.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.file_mmtf.to_mdtraj module
      • molsysmt.form.file_mmtf.to_mmtf_MMTFDecoder module
      • molsysmt.form.file_mmtf.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_mmtf.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.file_mmtf.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.file_mmtf.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.file_mmtf.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.file_mmtf.to_string_amino_acids_3 module
      • molsysmt.form.file_mmtf.to_string_pdb_text module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_mol2 package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_mol2.add module
      • molsysmt.form.file_mol2.append_structures module
      • molsysmt.form.file_mol2.attributes module
      • molsysmt.form.file_mol2.copy module
      • molsysmt.form.file_mol2.extract module
      • molsysmt.form.file_mol2.get module
      • molsysmt.form.file_mol2.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_mol2.is_form module
      • molsysmt.form.file_mol2.iterators module
      • molsysmt.form.file_mol2.merge module
      • molsysmt.form.file_mol2.set module
      • molsysmt.form.file_mol2.to_file_mol2 module
      • molsysmt.form.file_mol2.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.file_mol2.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.file_mol2.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.file_mol2.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_mol2.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.file_mol2.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.file_mol2.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.file_mol2.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.file_mol2.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.file_mol2.to_parmed_Structure module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_msmpk package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_msmpk.add module
      • molsysmt.form.file_msmpk.append_structures module
      • molsysmt.form.file_msmpk.attributes module
      • molsysmt.form.file_msmpk.copy module
      • molsysmt.form.file_msmpk.extract module
      • molsysmt.form.file_msmpk.get module
      • molsysmt.form.file_msmpk.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_msmpk.is_form module
      • molsysmt.form.file_msmpk.iterators module
      • molsysmt.form.file_msmpk.merge module
      • molsysmt.form.file_msmpk.set module
      • molsysmt.form.file_msmpk.to_file_msmpk module
      • molsysmt.form.file_msmpk.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_msmpk.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.file_msmpk.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.file_msmpk.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.file_msmpk.update_file module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_pdb package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_pdb.add module
      • molsysmt.form.file_pdb.append_structures module
      • molsysmt.form.file_pdb.attributes module
      • molsysmt.form.file_pdb.copy module
      • molsysmt.form.file_pdb.download module
      • molsysmt.form.file_pdb.extract module
      • molsysmt.form.file_pdb.get module
      • molsysmt.form.file_pdb.has_atoms_with_alternate_locations module
      • molsysmt.form.file_pdb.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_pdb.is_form module
      • molsysmt.form.file_pdb.iterators module
      • molsysmt.form.file_pdb.merge module
      • molsysmt.form.file_pdb.replace_HETATM_by_ATOM_in_terminal_cappings module
      • molsysmt.form.file_pdb.set module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_MDAnalysis_Topology module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_MDAnalysis_Universe module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_MDAnalysis_topology_PDBParser module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_file_mol2 module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_mdtraj_PDBTrajectoryFile module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_molsysmt_PDBFileHandler module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_openmm_PDBFile module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_openmm_Simulation module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_openmm_System module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_parmed_Structure module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_pdbfixer_PDBFixer module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_pytraj_Topology module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_pytraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.file_pdb.to_string_pdb_text module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_prmtop package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_prmtop.add module
      • molsysmt.form.file_prmtop.append_structures module
      • molsysmt.form.file_prmtop.attributes module
      • molsysmt.form.file_prmtop.copy module
      • molsysmt.form.file_prmtop.extract module
      • molsysmt.form.file_prmtop.get module
      • molsysmt.form.file_prmtop.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_prmtop.is_form module
      • molsysmt.form.file_prmtop.iterators module
      • molsysmt.form.file_prmtop.merge module
      • molsysmt.form.file_prmtop.set module
      • molsysmt.form.file_prmtop.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.file_prmtop.to_file_prmtop module
      • molsysmt.form.file_prmtop.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.file_prmtop.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_prmtop.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.file_prmtop.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.file_prmtop.to_openmm_AmberPrmtopFile module
      • molsysmt.form.file_prmtop.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.file_prmtop.to_openmm_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_psf package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_psf.add module
      • molsysmt.form.file_psf.append_structures module
      • molsysmt.form.file_psf.attributes module
      • molsysmt.form.file_psf.copy module
      • molsysmt.form.file_psf.extract module
      • molsysmt.form.file_psf.get module
      • molsysmt.form.file_psf.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_psf.is_form module
      • molsysmt.form.file_psf.iterators module
      • molsysmt.form.file_psf.merge module
      • molsysmt.form.file_psf.set module
      • molsysmt.form.file_psf.to_file_psf module
      • molsysmt.form.file_psf.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.file_psf.to_molsysmt_MolSysOld module
      • molsysmt.form.file_psf.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.file_psf.to_openmm_CharmmPsfFile module
      • molsysmt.form.file_psf.to_openmm_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_trjpk package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_trjpk.add module
      • molsysmt.form.file_trjpk.append_structures module
      • molsysmt.form.file_trjpk.attributes module
      • molsysmt.form.file_trjpk.copy module
      • molsysmt.form.file_trjpk.extract module
      • molsysmt.form.file_trjpk.get module
      • molsysmt.form.file_trjpk.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_trjpk.is_form module
      • molsysmt.form.file_trjpk.iterators module
      • molsysmt.form.file_trjpk.merge module
      • molsysmt.form.file_trjpk.set module
      • molsysmt.form.file_trjpk.to_file_trjpk module
      • molsysmt.form.file_trjpk.to_molsysmt_StructuresDict module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_xtc package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_xtc.add module
      • molsysmt.form.file_xtc.append_structures module
      • molsysmt.form.file_xtc.attributes module
      • molsysmt.form.file_xtc.copy module
      • molsysmt.form.file_xtc.extract module
      • molsysmt.form.file_xtc.get module
      • molsysmt.form.file_xtc.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_xtc.is_form module
      • molsysmt.form.file_xtc.iterators module
      • molsysmt.form.file_xtc.merge module
      • molsysmt.form.file_xtc.set module
      • molsysmt.form.file_xtc.to_file_xtc module
      • molsysmt.form.file_xtc.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.file_xtc.to_mdtraj_XTCTrajectoryFile module
      • molsysmt.form.file_xtc.to_molsysmt_Structures module
      • Module contents
    • molsysmt.form.file_xyznpy package
      • Submodules
      • molsysmt.form.file_xyznpy.add module
      • molsysmt.form.file_xyznpy.append_structures module
      • molsysmt.form.file_xyznpy.attributes module
      • molsysmt.form.file_xyznpy.copy module
      • molsysmt.form.file_xyznpy.extract module
      • molsysmt.form.file_xyznpy.get module
      • molsysmt.form.file_xyznpy.has_attribute module
      • molsysmt.form.file_xyznpy.is_form module
      • molsysmt.form.file_xyznpy.iterators module
      • molsysmt.form.file_xyznpy.merge module
      • molsysmt.form.file_xyznpy.set module
      • molsysmt.form.file_xyznpy.to_XYZ module
      • molsysmt.form.file_xyznpy.to_file_xyznpy module
      • Module contents
    • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile package
      • Submodules
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.add module
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.append_structures module
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.attributes module
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.copy module
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.extract module
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.get module
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.has_attribute module
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.is_form module
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.iterators module
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.merge module
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.set module
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.to_mdtraj_DCDTrajectoryFile module
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.mdtraj_DCDTrajectoryFile.to_molsysmt_Structures module
      • Module contents
    • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile package
      • Submodules
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.add module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.append_structures module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.attributes module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.copy module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.extract module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.get module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.has_attribute module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.is_form module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.iterators module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.merge module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.set module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.to_mdtraj_HDF5TrajectoryFile module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.mdtraj_HDF5TrajectoryFile.to_openmm_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.mdtraj_Topology package
      • Submodules
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.add module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.append_structures module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.attributes module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.copy module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.extract module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.get module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.has_attribute module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.is_form module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.iterators module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.merge module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.set module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.to_file_top module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.to_parmed_GromacsTopologyFile module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.to_parmed_Structure module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.mdtraj_Topology.to_string_amino_acids_3 module
      • Module contents
    • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory package
      • Submodules
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.add module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.append_structures module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.attributes module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.copy module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.extract module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.get module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.has_attribute module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.is_form module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.iterators module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.merge module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.set module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_biopython_Seq module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_biopython_SeqRecord module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_file_xtc module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_parmed_Structure module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_pdbfixer_PDBFixer module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_pytraj_Topology module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_pytraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.mdtraj_Trajectory.to_string_amino_acids_3 module
      • Module contents
    • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile package
      • Submodules
      • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile.add module
      • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile.append_structures module
      • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile.attributes module
      • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile.copy module
      • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile.extract module
      • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile.get module
      • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile.has_attribute module
      • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile.is_form module
      • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile.iterators module
      • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile.merge module
      • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile.set module
      • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile.to_mdtraj_XTCTrajectoryFile module
      • molsysmt.form.mdtraj_XTCTrajectoryFile.to_molsysmt_Structures module
      • Module contents
    • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer package
      • Submodules
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.add module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.append_structures module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.attributes module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.copy module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.extract module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.has_attribute module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.is_form module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.iterators module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.merge module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.set module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_mmcif_PdbxContainers_DataContainer module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_molsysmt_MolSys_bueno module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_molsysmt_MolSys_old module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_molsysmt_MolecularMechanics module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_string_amino_acids_3 module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_string_pdb_id module
      • molsysmt.form.mmcif_PdbxContainers_DataContainer.to_string_pdb_text module
      • Module contents
    • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder package
      • Submodules
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.add module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.append_structures module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.attributes module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.copy module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.extract module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.has_attribute module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.is_form module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.iterators module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.merge module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.set module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.to_file_mmtf module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.to_mmtf_MMTFDecoder module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.to_molsysmt_MolecularMechanics module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.to_string_amino_acids_3 module
      • molsysmt.form.mmtf_MMTFDecoder.to_string_pdb_text module
      • Module contents
    • molsysmt.form.molsysmt_CIFFileHandler package
      • Submodules
      • molsysmt.form.molsysmt_CIFFileHandler.add module
      • molsysmt.form.molsysmt_CIFFileHandler.append_structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_CIFFileHandler.attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_CIFFileHandler.copy module
      • molsysmt.form.molsysmt_CIFFileHandler.extract module
      • molsysmt.form.molsysmt_CIFFileHandler.get module
      • molsysmt.form.molsysmt_CIFFileHandler.has_attribute module
      • molsysmt.form.molsysmt_CIFFileHandler.is_form module
      • molsysmt.form.molsysmt_CIFFileHandler.iterators module
      • molsysmt.form.molsysmt_CIFFileHandler.merge module
      • molsysmt.form.molsysmt_CIFFileHandler.set module
      • molsysmt.form.molsysmt_CIFFileHandler.to_molsysmt_CIFFileHandler module
      • Module contents
    • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler package
      • Submodules
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.add module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.append_structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.copy module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.extract module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.get module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.has_attribute module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.is_form module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.iterators module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.merge module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.set module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.to_molsysmt_GROFileHandler module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.molsysmt_GROFileHandler.to_nglview_NGLWidget module
      • Module contents
    • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler package
      • Submodules
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.add module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.append_structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.copy module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.extract module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.has_attribute module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.is_form module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.iterators module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.merge module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.set module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.to_molsysmt_H5MSMFileHandler module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.molsysmt_H5MSMFileHandler.to_nglview_NGLWidget module
      • Module contents
    • molsysmt.form.molsysmt_MolSys package
      • Submodules
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.add module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.add_bonds module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.append_structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.copy module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.extract module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_mechanical_attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.has_attribute module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.is_form module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.iterators module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.merge module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.old_get module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.remove_bonds module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.set module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_XYZ module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_biopython_Seq module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_biopython_SeqRecord module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_file_h5msm module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_file_msmpk module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_file_psf module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_MolecularMechanics module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_MolecularMechanicsDict module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_UniversalJSON module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_molsysmt_ViewerJSON module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_networkx_Graph module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_Context module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_Simulation module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_System module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_parmed_Structure module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_pdbfixer_PDBFixer module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_pytraj_Topology module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_pytraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_string_amino_acids_3 module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolSys.to_string_pdb_text module
      • Module contents
    • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics package
      • Submodules
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics.add module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics.append_structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics.attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics.copy module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics.extract module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics.get module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics.has_attribute module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics.is_form module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics.iterators module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics.merge module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics.set module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics.to_molsysmt_MolecularMechanics module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanics.to_molsysmt_MolecularMechanicsDict module
      • Module contents
    • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict package
      • Submodules
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict.add module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict.append_structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict.attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict.copy module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict.extract module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict.get module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict.has_attribute module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict.is_form module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict.iterators module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict.merge module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict.set module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict.to_molsysmt_MolecularMechanics module
      • molsysmt.form.molsysmt_MolecularMechanicsDict.to_molsysmt_MolecularMechanicsDict module
      • Module contents
    • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler package
      • Submodules
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.add module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.append_structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.copy module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.extract module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.get module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.has_attribute module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.is_form module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.iterators module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.merge module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.set module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.to_molsysmt_PDBFileHandler module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.molsysmt_PDBFileHandler.to_nglview_NGLWidget module
      • Module contents
    • molsysmt.form.molsysmt_Structures package
      • Submodules
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.add module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.append_structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.copy module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.extract module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.has_attribute module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.is_form module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.iterators module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.merge module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.set module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_XYZ module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_file_h5msm module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_molsysmt_StructuresDict module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_molsysmt_UniversalJSON module
      • molsysmt.form.molsysmt_Structures.to_molsysmt_ViewerJSON module
      • Module contents
    • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict package
      • Submodules
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.add module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.append_structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.copy module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.extract module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.get module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.has_attribute module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.is_form module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.iterators module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.merge module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.set module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.to_file_trjpk module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.to_molsysmt_MolecularMechanics module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.to_molsysmt_StructuresDict module
      • molsysmt.form.molsysmt_StructuresDict.to_molsysmt_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.molsysmt_Topology package
      • Submodules
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.add module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.add_bonds module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.append_structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.copy module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.extract module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.has_attribute module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.is_form module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.iterators module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.merge module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.remove_bonds module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.set module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_file_h5msm module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_file_psf module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_molsysmt_UniversalJSON module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_molsysmt_ViewerJSON module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_networkx_Graph module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_parmed_Structure module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_pytraj_Topology module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_string_amino_acids_3 module
      • molsysmt.form.molsysmt_Topology.to_string_pdb_text module
      • Module contents
    • molsysmt.form.molsysmt_UniversalJSON package
      • Submodules
      • molsysmt.form.molsysmt_UniversalJSON.append_structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_UniversalJSON.attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_UniversalJSON.copy module
      • molsysmt.form.molsysmt_UniversalJSON.extract module
      • molsysmt.form.molsysmt_UniversalJSON.get module
      • molsysmt.form.molsysmt_UniversalJSON.has_attribute module
      • molsysmt.form.molsysmt_UniversalJSON.is_form module
      • molsysmt.form.molsysmt_UniversalJSON.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.molsysmt_UniversalJSON.to_molsysmt_UniversalJSON module
      • Module contents
    • molsysmt.form.molsysmt_ViewerJSON package
      • Submodules
      • molsysmt.form.molsysmt_ViewerJSON.append_structures module
      • molsysmt.form.molsysmt_ViewerJSON.attributes module
      • molsysmt.form.molsysmt_ViewerJSON.copy module
      • molsysmt.form.molsysmt_ViewerJSON.extract module
      • molsysmt.form.molsysmt_ViewerJSON.get module
      • molsysmt.form.molsysmt_ViewerJSON.has_attribute module
      • molsysmt.form.molsysmt_ViewerJSON.is_form module
      • molsysmt.form.molsysmt_ViewerJSON.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.molsysmt_ViewerJSON.to_molsysmt_ViewerJSON module
      • Module contents
    • molsysmt.form.networkx_Graph package
      • Submodules
      • molsysmt.form.networkx_Graph.add module
      • molsysmt.form.networkx_Graph.append_structures module
      • molsysmt.form.networkx_Graph.attributes module
      • molsysmt.form.networkx_Graph.copy module
      • molsysmt.form.networkx_Graph.extract module
      • molsysmt.form.networkx_Graph.get module
      • molsysmt.form.networkx_Graph.has_attribute module
      • molsysmt.form.networkx_Graph.is_form module
      • molsysmt.form.networkx_Graph.iterators module
      • molsysmt.form.networkx_Graph.merge module
      • molsysmt.form.networkx_Graph.set module
      • molsysmt.form.networkx_Graph.to_networkx_Graph module
      • Module contents
    • molsysmt.form.nglview_NGLWidget package
      • Submodules
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.add module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.append_structures module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.attributes module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.copy module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.extract module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.has_attribute module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.is_form module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.iterators module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.merge module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.set module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.to_string_amino_acids_3 module
      • molsysmt.form.nglview_NGLWidget.to_string_pdb_text module
      • Module contents
    • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile package
      • Submodules
      • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile.add module
      • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile.append_structures module
      • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile.attributes module
      • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile.copy module
      • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile.extract module
      • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile.get module
      • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile.has_attribute module
      • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile.is_form module
      • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile.iterators module
      • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile.merge module
      • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile.set module
      • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.openmm_AmberInpcrdFile.to_openmm_AmberInpcrdFile module
      • Module contents
    • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile package
      • Submodules
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.add module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.append_structures module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.attributes module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.copy module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.extract module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.get module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.has_attribute module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.is_form module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.iterators module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.merge module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.set module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.to_openmm_AmberPrmtopFile module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.to_openmm_System module
      • molsysmt.form.openmm_AmberPrmtopFile.to_openmm_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.openmm_CharmmCrdFile package
      • Submodules
      • molsysmt.form.openmm_CharmmCrdFile.add module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmCrdFile.append_structures module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmCrdFile.attributes module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmCrdFile.copy module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmCrdFile.extract module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmCrdFile.get module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmCrdFile.has_attribute module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmCrdFile.is_form module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmCrdFile.iterators module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmCrdFile.merge module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmCrdFile.set module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmCrdFile.to_openmm_CharmmCrdFile module
      • Module contents
    • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile package
      • Submodules
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.add module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.append_structures module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.attributes module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.copy module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.extract module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.get module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.has_attribute module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.is_form module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.iterators module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.merge module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.set module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.to_openmm_CharmmPsfFile module
      • molsysmt.form.openmm_CharmmPsfFile.to_openmm_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.openmm_Context package
      • Submodules
      • molsysmt.form.openmm_Context.add module
      • molsysmt.form.openmm_Context.append_structures module
      • molsysmt.form.openmm_Context.attributes module
      • molsysmt.form.openmm_Context.copy module
      • molsysmt.form.openmm_Context.extract module
      • molsysmt.form.openmm_Context.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.openmm_Context.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.openmm_Context.has_attribute module
      • molsysmt.form.openmm_Context.is_form module
      • molsysmt.form.openmm_Context.iterators module
      • molsysmt.form.openmm_Context.merge module
      • molsysmt.form.openmm_Context.set module
      • molsysmt.form.openmm_Context.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.openmm_Context.to_openmm_Context module
      • molsysmt.form.openmm_Context.to_openmm_System module
      • Module contents
    • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile package
      • Submodules
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.add module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.append_structures module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.attributes module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.copy module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.extract module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.get module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.has_attribute module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.is_form module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.iterators module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.merge module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.set module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.to_openmm_GromacsGroFile module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsGroFile.to_openmm_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile package
      • Submodules
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.add module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.append_structures module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.attributes module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.copy module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.extract module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.get module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.has_attribute module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.is_form module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.iterators module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.merge module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.set module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.to_openmm_GromacsTopFile module
      • molsysmt.form.openmm_GromacsTopFile.to_openmm_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.openmm_Modeller package
      • Submodules
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.add module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.append_structures module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.attributes module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.copy module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.extract module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.has_attribute module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.is_form module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.iterators module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.merge module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.set module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.to_openmm_Simulation module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.to_openmm_System module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_Modeller.to_pdbfixer_PDBFixer module
      • Module contents
    • molsysmt.form.openmm_PDBFile package
      • Submodules
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.add module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.append_structures module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.attributes module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.copy module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.extract module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.get module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.has_attribute module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.is_form module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.iterators module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.merge module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.set module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.to_openmm_PDBFile module
      • molsysmt.form.openmm_PDBFile.to_openmm_Topology module
      • Module contents
    • molsysmt.form.openmm_Simulation package
      • Submodules
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.add module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.append_structures module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.attributes module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.copy module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.extract module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.has_attribute module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.is_form module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.iterators module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.merge module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.set module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.to_file_msmpk module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.to_openmm_Context module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.to_openmm_Simulation module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_Simulation.to_pdbfixer_PDBFixer module
      • Module contents
    • molsysmt.form.openmm_State package
      • Submodules
      • molsysmt.form.openmm_State.add module
      • molsysmt.form.openmm_State.append_structures module
      • molsysmt.form.openmm_State.attributes module
      • molsysmt.form.openmm_State.copy module
      • molsysmt.form.openmm_State.extract module
      • molsysmt.form.openmm_State.get module
      • molsysmt.form.openmm_State.has_attribute module
      • molsysmt.form.openmm_State.is_form module
      • molsysmt.form.openmm_State.iterators module
      • molsysmt.form.openmm_State.merge module
      • molsysmt.form.openmm_State.set module
      • molsysmt.form.openmm_State.to_XYZ module
      • molsysmt.form.openmm_State.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.openmm_State.to_openmm_State module
      • Module contents
    • molsysmt.form.openmm_System package
      • Submodules
      • molsysmt.form.openmm_System.add module
      • molsysmt.form.openmm_System.append_structures module
      • molsysmt.form.openmm_System.attributes module
      • molsysmt.form.openmm_System.copy module
      • molsysmt.form.openmm_System.extract module
      • molsysmt.form.openmm_System.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.openmm_System.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.openmm_System.has_attribute module
      • molsysmt.form.openmm_System.is_form module
      • molsysmt.form.openmm_System.iterators module
      • molsysmt.form.openmm_System.merge module
      • molsysmt.form.openmm_System.set module
      • molsysmt.form.openmm_System.to_openmm_Context module
      • molsysmt.form.openmm_System.to_openmm_Simulation module
      • molsysmt.form.openmm_System.to_openmm_System module
      • Module contents
    • molsysmt.form.openmm_Topology package
      • Submodules
      • molsysmt.form.openmm_Topology.add module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.append_structures module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.attributes module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.copy module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.extract module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.has_attribute module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.is_form module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.iterators module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.merge module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.set module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_file_psf module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_networkx_Graph module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_openmm_Context module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_openmm_PDBFile module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_openmm_Simulation module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_openmm_System module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_parmed_Structure module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_pdbfixer_PDBFixer module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_string_amino_acids_3 module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.to_string_pdb_text module
      • molsysmt.form.openmm_Topology.write_topology_in_h5msm module
      • Module contents
    • molsysmt.form.parmed_Structure package
      • Submodules
      • molsysmt.form.parmed_Structure.add module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.append_structures module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.attributes module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.copy module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.extract module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.get module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.has_attribute module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.is_form module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.iterators module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.merge module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.set module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_file_cif module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_file_mol2 module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_file_psf module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_parmed_GromacsTopologyFile module
      • molsysmt.form.parmed_Structure.to_parmed_Structure module
      • Module contents
    • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer package
      • Submodules
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.add module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.append_structures module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.attributes module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.copy module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.extract module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.has_attribute module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.is_form module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.iterators module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.merge module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.set module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_biopython_Seq module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_biopython_SeqRecord module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_pdbfixer_PDBFixer module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.pdbfixer_PDBFixer.to_string_amino_acids_3 module
      • Module contents
    • molsysmt.form.pytraj_Topology package
      • Submodules
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.add module
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.append_structures module
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.attributes module
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.copy module
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.extract module
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.get module
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.has_attribute module
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.is_form module
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.iterators module
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.merge module
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.set module
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.to_pytraj_Topology module
      • molsysmt.form.pytraj_Topology.to_pytraj_Trajectory module
      • Module contents
    • molsysmt.form.pytraj_Trajectory package
      • Submodules
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.add module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.append_structures module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.attributes module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.copy module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.extract module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.get module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.has_attribute module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.is_form module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.iterators module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.merge module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.set module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.to_pytraj_Topology module
      • molsysmt.form.pytraj_Trajectory.to_pytraj_Trajectory module
      • Module contents
    • molsysmt.form.string_alphafold_id package
      • Submodules
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.add module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.append_structures module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.attributes module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.copy module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.extract module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.has_attribute module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.is_form module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.iterators module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.merge module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.set module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_file_bcif module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_file_fasta module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_file_h5msm module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_mmcif_PdbxContainers_DataContainer module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_openmm_PDBFile module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_string_alphafold_id module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.string_alphafold_id.to_string_pdb_text module
      • Module contents
    • molsysmt.form.string_amino_acids_1 package
      • Submodules
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.add module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.append_structures module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.attributes module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.copy module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.extract module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.get module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.has_attribute module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.is_form module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.iterators module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.merge module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.set module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.to_biopython_Seq module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.to_biopython_SeqRecord module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_1.to_string_amino_acids_3 module
      • Module contents
    • molsysmt.form.string_amino_acids_3 package
      • Submodules
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.add module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.append_structures module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.attributes module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.copy module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.extract module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.get module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.has_attribute module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.is_form module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.iterators module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.merge module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.set module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.to_biopython_Seq module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.to_biopython_SeqRecord module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.to_string_amino_acids_1 module
      • molsysmt.form.string_amino_acids_3.to_string_amino_acids_3 module
      • Module contents
    • molsysmt.form.string_pdb_id package
      • Submodules
      • molsysmt.form.string_pdb_id.add module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.append_structures module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.attributes module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.copy module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.extract module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.has_attribute module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.is_form module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.iterators module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.merge module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.set module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_file_bcif module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_file_bcif_gz module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_file_cif module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_file_cif_gz module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_file_fasta module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_file_h5msm module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_file_mmtf module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_file_msmpk module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_mmcif_PdbxContainers_DataContainer module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_mmtf_MMTFDecoder module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_openmm_PDBFile module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_pdbfixer_PDBFixer module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_string_pdb_id module
      • molsysmt.form.string_pdb_id.to_string_pdb_text module
      • Module contents
    • molsysmt.form.string_pdb_text package
      • Submodules
      • molsysmt.form.string_pdb_text.add module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.append_structures module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.attributes module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.copy module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.extract module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.get_structural_attributes module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.get_topological_attributes module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.has_attribute module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.is_form module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.iterators module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.merge module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.set module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_file_pdb module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_mdtraj_Topology module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_mdtraj_Trajectory module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_molsysmt_MolSys module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_molsysmt_PDBFileHandler module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_molsysmt_Structures module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_molsysmt_Topology module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_nglview_NGLWidget module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_openmm_Modeller module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_openmm_PDBFile module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_openmm_Simulation module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_openmm_System module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_openmm_Topology module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_pdbfixer_PDBFixer module
      • molsysmt.form.string_pdb_text.to_string_pdb_text module
      • Module contents
  • Submodules
  • molsysmt.form.get_attributes module
    • get_attributes()
  • molsysmt.form.has_attribute module
    • has_attribute()
  • molsysmt.form.is_file module
    • is_file()
  • molsysmt.form.is_item module
    • is_item()
  • molsysmt.form.is_string module
    • is_string()
  • molsysmt.form.iterators module
    • StructuresIterator
    • TopologyIterator
  • Module contents
• molsysmt.hbonds package
  • Submodules
  • molsysmt.hbonds.get_acceptor_atoms module
    • get_acceptor_atoms()
  • molsysmt.hbonds.get_buch_hbonds module
    • get_buch_hbonds()
  • molsysmt.hbonds.get_donor_atoms module
    • get_donor_atoms()
  • molsysmt.hbonds.get_luzard_chandler_hbonds module
    • get_luzard_chandler_hbonds()
  • Module contents
• molsysmt.lib package
  • Subpackages
    • molsysmt.lib.pbc package
      • Submodules
      • molsysmt.lib.pbc.box_is_orthogonal module
      • molsysmt.lib.pbc.get_angles_from_box module
      • molsysmt.lib.pbc.get_box_from_lengths_and_angles module
      • molsysmt.lib.pbc.get_lengths_and_angles_from_box module
      • molsysmt.lib.pbc.get_lengths_from_box module
      • molsysmt.lib.pbc.unwrap module
      • molsysmt.lib.pbc.wrap_to_mic module
      • molsysmt.lib.pbc.wrap_to_pbc module
      • Module contents
    • molsysmt.lib.structure package
      • Submodules
      • molsysmt.lib.structure.flip module
      • molsysmt.lib.structure.get_angles module
      • molsysmt.lib.structure.get_center module
      • molsysmt.lib.structure.get_dihedral_angles module
      • molsysmt.lib.structure.get_distances module
      • molsysmt.lib.structure.get_least_rmsd module
      • molsysmt.lib.structure.get_least_rmsd_rotation_and_translation module
      • molsysmt.lib.structure.get_mic_angles module
      • molsysmt.lib.structure.get_mic_dihedral_angles module
      • molsysmt.lib.structure.get_mic_distances module
      • molsysmt.lib.structure.get_principal_geometric_axes module
      • molsysmt.lib.structure.get_principal_inertia_axes module
      • molsysmt.lib.structure.get_rmsd module
      • molsysmt.lib.structure.principal_component_analysis module
      • molsysmt.lib.structure.set_dihedral_angles module
      • molsysmt.lib.structure.set_mic_dihedral_angles module
      • molsysmt.lib.structure.shift_dihedral_angles module
      • molsysmt.lib.structure.shift_mic_dihedral_angles module
      • Module contents
  • Submodules
  • molsysmt.lib.make_numba_signature module
    • make_numba_signature()
  • molsysmt.lib.math module
    • angle()
    • cross_product()
    • dihedral_angle()
    • dot_product()
    • inverse_matrix_3x3()
    • matmul()
    • norm_vector()
    • normalize_vector()
    • quaternion_to_rotation_matrix()
    • rodrigues_rotation()
    • transpmatmul()
  • molsysmt.lib.series module
    • chunks_to_serie()
    • occurrence_order()
    • occurrence_order_sorted_serie()
    • serialized_lists
    • serie_to_chunks()
  • Module contents
• molsysmt.molecular_dynamics package
  • Submodules
  • molsysmt.molecular_dynamics.md_protocols module
  • molsysmt.molecular_dynamics.run_NPT_equilibration module
    • run_NPT_equilibration()
  • molsysmt.molecular_dynamics.run_NVT_equilibration module
    • Potential Energy
    • run_NVT_equilibration()
  • Module contents
• molsysmt.molecular_mechanics package
  • Submodules
  • molsysmt.molecular_mechanics.forcefields module
  • molsysmt.molecular_mechanics.get_engine_forcefield module
    • get_engine_forcefield()
  • molsysmt.molecular_mechanics.get_forces module
    • get_forces()
  • molsysmt.molecular_mechanics.get_non_bonded_potential_energy module
    • Potential Energy
    • get_non_bonded_potential_energy()
  • molsysmt.molecular_mechanics.get_num_degrees_of_freedom module
    • get_degrees_of_freedom()
  • molsysmt.molecular_mechanics.get_potential_energy module
    • Potential Energy
    • get_potential_energy()
  • molsysmt.molecular_mechanics.potential_energy_minimization module
    • potential_energy_minimization()
  • Module contents
• molsysmt.native package
  • Submodules
  • molsysmt.native.file_tng module
    • TNGFile
  • molsysmt.native.file_xtc module
    • XTCFile
  • molsysmt.native.gro_file_handler module
    • GROAtomicCoordinateEntry
    • GROFileHandler
      • GROFileHandler.close()
      • GROFileHandler.dump()
      • GROFileHandler.load()
    • parse()
  • molsysmt.native.h5msm_file_handler module
    • H5MSMFileHandler
      • H5MSMFileHandler.close()
      • H5MSMFileHandler.write_topology()
  • molsysmt.native.molecular_mechanics module
    • MolecularMechanics
      • MolecularMechanics.copy()
      • MolecularMechanics.get_leap_parameters()
      • MolecularMechanics.get_openmm_System_parameters()
      • MolecularMechanics.get_openmm_forcefield_names()
      • MolecularMechanics.set_parameters()
      • MolecularMechanics.to_dict()
      • MolecularMechanics.to_openmm_ForceField()
  • molsysmt.native.molecular_mechanics_dict module
  • molsysmt.native.molsys module
    • MolSys
      • MolSys.add()
      • MolSys.add_missing_bonds()
      • MolSys.append_structures()
      • MolSys.copy()
      • MolSys.extract()
      • MolSys.get()
      • MolSys.info()
      • MolSys.rebuild_atoms()
      • MolSys.rebuild_chains()
      • MolSys.rebuild_components()
      • MolSys.rebuild_entities()
      • MolSys.rebuild_groups()
      • MolSys.rebuild_molecules()
      • MolSys.remove()
      • MolSys.to_form()
  • molsysmt.native.pdb_atomic_coordinate_entry module
    • AtomRecord
      • AtomRecord.to_string()
    • AuthorRecord
    • BookkeepingSection
    • CaveatRecord
    • CispepRecord
    • CompndRecord
    • ConectRecord
    • ConnectivityAnnotationSection
    • ConnectivitySection
    • CoordinateSection
    • Cryst1Record
    • CrystallographicAndCoordinateTransformationSection
    • Dbref1Dbref2Record
    • DbrefRecord
    • ExpdtaRecord
    • FormulRecord
    • HeaderRecord
    • HelixRecord
    • HetRecord
    • HetatmRecord
    • HeterogenSection
    • HetnamRecord
    • HetsynRecord
    • JrnlRecord
    • KeywdsRecord
    • LinkRecord
    • MasterRecord
    • MdltypRecord
    • MiscellaneousFeaturesSection
    • Model
    • ModresRecord
    • MtrixRecord
    • NummdlRecord
    • ObslteRecord
    • OrigxRecord
    • PDBAtomicCoordinateEntry
    • PrimaryStructureSection
    • RemarkRecord
    • RevdatRecord
    • ScaleRecord
    • SecondaryStructureSection
    • SeqadvRecord
    • SeqresRecord
    • SheetRecord
    • SiteRecord
    • SourceRecord
    • SplitRecord
    • SprsdeRecord
    • SsbondRecord
    • TitleRecord
    • TitleSection
  • molsysmt.native.pdb_file_handler module
    • PDBFileHandler
      • PDBFileHandler.close()
      • PDBFileHandler.dump()
      • PDBFileHandler.load()
    • guess_format_version()
    • parse_format33()
  • molsysmt.native.simulation module
    • Simulation
      • Simulation.copy()
      • Simulation.get_openmm_Context_parameters()
      • Simulation.get_openmm_Simulation_parameters()
      • Simulation.set_parameters()
      • Simulation.to_dict()
      • Simulation.to_openmm_Context()
      • Simulation.to_openmm_Integrator()
      • Simulation.to_openmm_Platform()
      • Simulation.to_openmm_Simulation()
  • molsysmt.native.simulation_dict module
    • is_simulation_dict()
  • molsysmt.native.structures module
    • Structures
      • Structures.add()
      • Structures.append()
      • Structures.append_structures()
      • Structures.copy()
      • Structures.extract()
      • Structures.get_n_structures()
  • molsysmt.native.structures_dict module
  • molsysmt.native.topology module
    • Atoms_DataFrame
    • Bonds_DataFrame
    • Chains_DataFrame
    • Components_DataFrame
    • Entities_DataFrame
    • Groups_DataFrame
    • Molecules_DataFrame
    • Topology
      • Topology.add()
      • Topology.add_bonds()
      • Topology.add_missing_bonds()
      • Topology.compare()
      • Topology.copy()
      • Topology.extract()
      • Topology.get_atom_indices()
      • Topology.get_n_atoms()
      • Topology.get_n_bonds()
      • Topology.get_n_chains()
      • Topology.get_n_components()
      • Topology.get_n_entities()
      • Topology.get_n_groups()
      • Topology.get_n_molecules()
      • Topology.rebuild_atoms()
      • Topology.rebuild_chains()
      • Topology.rebuild_components()
      • Topology.rebuild_entities()
      • Topology.rebuild_groups()
      • Topology.rebuild_molecules()
      • Topology.remove()
      • Topology.remove_bonds()
      • Topology.reset_atoms()
      • Topology.reset_bonds()
      • Topology.reset_chains()
      • Topology.reset_components()
      • Topology.reset_entities()
      • Topology.reset_groups()
      • Topology.reset_molecules()
  • molsysmt.native.trajectory_file module
    • TrajectoryFile
      • TrajectoryFile.copy()
      • TrajectoryFile.read_frames()
  • molsysmt.native.universal_json module
    • UniversalJSON
      • UniversalJSON.compressed
      • UniversalJSON.compression
      • UniversalJSON.copy()
      • UniversalJSON.data
      • UniversalJSON.dump()
      • UniversalJSON.dumps()
      • UniversalJSON.schema
      • UniversalJSON.to_dict()
  • molsysmt.native.viewer_json module
    • ViewerJSON
      • ViewerJSON.compressed
      • ViewerJSON.compression
      • ViewerJSON.copy()
      • ViewerJSON.data
      • ViewerJSON.dump()
      • ViewerJSON.dumps()
      • ViewerJSON.schema
      • ViewerJSON.to_dict()
  • Module contents
• molsysmt.pbc package
  • Submodules
  • molsysmt.pbc.get_angles_from_box module
    • get_angles_from_box()
  • molsysmt.pbc.get_box_from_lengths_and_angles module
    • get_box_from_lengths_and_angles()
  • molsysmt.pbc.get_box_with_shape module
    • get_box_with_shape()
  • molsysmt.pbc.get_lengths_and_angles_from_box module
    • get_lengths_and_angles_from_box()
  • molsysmt.pbc.get_lengths_from_box module
    • get_lengths_from_box()
  • molsysmt.pbc.get_shape_from_angles module
    • get_shape_from_angles()
  • molsysmt.pbc.get_shape_from_box module
    • get_shape_from_box()
  • molsysmt.pbc.get_volume_from_box module
    • get_volume_from_box()
  • molsysmt.pbc.get_volume_from_lengths_and_angles module
    • get_volume_from_lengths_and_angles()
  • molsysmt.pbc.has_pbc module
    • has_pbc()
  • molsysmt.pbc.unwrap module
    • unwrap()
  • molsysmt.pbc.wrap_to_mic module
    • wrap_to_mic()
  • molsysmt.pbc.wrap_to_pbc module
    • wrap_to_pbc()
  • Module contents
• molsysmt.physchem package
  • Submodules
  • molsysmt.physchem.get_area_buried module
    • get_area_buried()
  • molsysmt.physchem.get_atomic_radius module
    • get_atomic_radius()
  • molsysmt.physchem.get_buried_fraction module
    • get_buried_fraction()
  • molsysmt.physchem.get_charge module
    • get_charge()
  • molsysmt.physchem.get_hydrophobicity module
    • get_hydrophobicity()
  • molsysmt.physchem.get_mass module
    • get_mass()
  • molsysmt.physchem.get_polarity module
    • get_polarity()
  • molsysmt.physchem.get_sasa module
    • get_sasa()
  • molsysmt.physchem.get_surface_area module
    • get_surface_area()
  • molsysmt.physchem.get_transmembrane_tendency module
    • get_transmembrane_tendency()
  • molsysmt.physchem.get_volume module
    • get_volume()
  • Module contents
• molsysmt.structure package
  • Submodules
  • molsysmt.structure.align_principal_axes module
    • align_principal_axes()
  • molsysmt.structure.center module
    • center()
  • molsysmt.structure.flip module
    • flip()
  • molsysmt.structure.get_angles module
    • get_angles()
  • molsysmt.structure.get_center module
    • get_center()
  • molsysmt.structure.get_contacts module
    • get_contacts()
  • molsysmt.structure.get_dihedral_angles module
    • get_dihedral_angles()
  • molsysmt.structure.get_distances module
    • get_distances()
  • molsysmt.structure.get_least_rmsd module
    • get_least_rmsd()
  • molsysmt.structure.get_maximum_distances module
    • get_maximum_distances()
  • molsysmt.structure.get_minimum_distances module
    • get_minimum_distances()
  • molsysmt.structure.get_neighbors module
    • get_neighbors()
  • molsysmt.structure.get_principal_axes module
    • get_principal_axes()
  • molsysmt.structure.get_radius_of_gyration module
    • get_radius_of_gyration()
  • molsysmt.structure.get_rmsd module
    • get_rmsd()
  • molsysmt.structure.least_rmsd_align module
    • least_rmsd_align()
  • molsysmt.structure.least_rmsd_fit module
    • least_rmsd_fit()
  • molsysmt.structure.move_away module
    • move_away()
  • molsysmt.structure.principal_component_analysis module
    • principal_component_analysis()
  • molsysmt.structure.rotate module
    • rotate()
  • molsysmt.structure.set_dihedral_angles module
    • set_dihedral_angles()
  • molsysmt.structure.shift_dihedral_angles module
    • shift_dihedral_angles()
  • molsysmt.structure.show_contacts module
    • show_contacts()
  • molsysmt.structure.translate module
    • translate()
  • Module contents
• molsysmt.supported package
  • Submodules
  • molsysmt.supported.engines module
  • molsysmt.supported.supported module
    • conversions()
    • forms()
    • syntaxes()
  • molsysmt.supported.syntaxes module
  • molsysmt.supported.viewers module
  • Module contents
• molsysmt.thirds package
  • Subpackages
    • molsysmt.thirds.nglview package
      • Submodules
      • molsysmt.thirds.nglview.add_arrows module
      • molsysmt.thirds.nglview.add_contacts module
      • molsysmt.thirds.nglview.add_cylinders module
      • molsysmt.thirds.nglview.add_hbonds module
      • molsysmt.thirds.nglview.clear module
      • molsysmt.thirds.nglview.load_html_in_jupyter_notebook module
      • molsysmt.thirds.nglview.patching_nglview module
      • molsysmt.thirds.nglview.set_color module
      • molsysmt.thirds.nglview.set_color_by_value module
      • molsysmt.thirds.nglview.show_as_balls_and_sticks module
      • molsysmt.thirds.nglview.show_as_cartoon module
      • molsysmt.thirds.nglview.show_as_licorice module
      • molsysmt.thirds.nglview.show_as_surface module
      • molsysmt.thirds.nglview.show_gui module
      • molsysmt.thirds.nglview.standardize_view module
      • molsysmt.thirds.nglview.write_html module
      • Module contents
    • molsysmt.thirds.openmm package
      • Subpackages
      • Module contents
    • molsysmt.thirds.tleap package
      • Submodules
      • molsysmt.thirds.tleap.tleap module
      • Module contents
  • Module contents
• molsysmt.topology package
  • Submodules
  • molsysmt.topology.get_bondgraph module
    • get_bondgraph()
  • molsysmt.topology.get_covalent_blocks module
    • get_covalent_blocks()
  • molsysmt.topology.get_covalent_chains module
    • get_covalent_chains()
  • molsysmt.topology.get_dihedral_quartets module
    • get_dihedral_quartets()
  • molsysmt.topology.get_sequence_alignment module
    • get_sequence_alignment()
  • molsysmt.topology.get_sequence_identity module
    • get_sequence_identity()
  • Module contents

Submodules

molsysmt.dependencies module

molsysmt.systems module

molsysmt.systems.path(package, file)

Module contents

MolSysMT This must be a short description of the project