openmm.Simulation#

add(to_item, item[, atom_indices, ...])

append_structures(item[, structure_id, ...])

copy(item[, skip_digestion])

extract(item[, atom_indices, ...])

get_structural_attributes

get_topological_attributes

has_attribute(molecular_system, attribute[, ...])

is_form(item)

StructuresIterator(molecular_system[, ...])

TopologyIterator(molecular_system)

merge(items[, atom_indices, ...])

set

to_file_msmpk(item[, atom_indices, ...])

to_file_pdb(item[, atom_indices, ...])

to_molsysmt_MolSys(item[, atom_indices, ...])

to_molsysmt_Structures(item[, atom_indices, ...])

to_molsysmt_Topology(item[, atom_indices, ...])

to_openmm_Context(item[, atom_indices, ...])

to_openmm_Modeller(item[, atom_indices, ...])

to_openmm_Topology(item[, atom_indices, ...])

to_pdbfixer_PDBFixer(item[, atom_indices, ...])