parmed.Structure#

add(to_item, item[, atom_indices, ...])

append_structures(item[, structure_id, ...])

copy(item[, skip_digestion])

extract(item[, atom_indices, ...])

get

has_attribute(molecular_system, attribute[, ...])

is_form(item)

StructuresIterator(molecular_system[, ...])

TopologyIterator(molecular_system)

merge(items[, atom_indices, skip_digestion])

set

to_file_cif(item[, atom_indices, ...])

to_file_mol2(item[, atom_indices, ...])

to_file_pdb(item[, atom_indices, ...])

to_file_psf(item[, atom_indices, ...])

to_mdtraj_Topology(item[, atom_indices, ...])

to_mdtraj_Trajectory(item[, atom_indices, ...])

to_molsysmt_MolSys(item[, atom_indices, ...])

to_molsysmt_Structures(item[, atom_indices, ...])

to_molsysmt_Topology(item[, atom_indices, ...])

to_nglview_NGLWidget(item[, atom_indices, ...])

to_openmm_Modeller(item[, atom_indices, ...])

to_openmm_Topology(item[, atom_indices, ...])

to_parmed_GromacsTopologyFile