molsysmt.form.file_cif.get#

Functions

get_alternate_location_from_system(item[, ...])

get_atom_id_from_atom(item[, indices, ...])

get_atom_id_from_chain(item[, indices])

get_atom_id_from_component(item[, indices])

get_atom_id_from_entity(item[, indices])

get_atom_id_from_group(item[, indices])

get_atom_id_from_molecule(item[, indices])

get_atom_index_from_atom(item[, indices])

get_atom_index_from_chain(item[, indices])

get_atom_index_from_component(item[, indices])

get_atom_index_from_entity(item[, indices])

get_atom_index_from_group(item[, indices])

get_atom_index_from_molecule(item[, indices])

get_atom_name_from_atom(item[, indices, ...])

get_atom_name_from_chain(item[, indices])

get_atom_name_from_component(item[, indices])

get_atom_name_from_entity(item[, indices])

get_atom_name_from_group(item[, indices])

get_atom_name_from_molecule(item[, indices])

get_atom_type_from_atom(item[, indices, ...])

get_atom_type_from_chain(item[, indices])

get_atom_type_from_component(item[, indices])

get_atom_type_from_entity(item[, indices])

get_atom_type_from_group(item[, indices])

get_atom_type_from_molecule(item[, indices])

get_b_factor_from_system(item[, ...])

get_bond_index_from_atom(item[, indices])

get_bond_index_from_bond(item[, indices])

get_bond_index_from_system(item)

get_bond_order_from_bond(item[, indices, ...])

get_bond_type_from_bond(item[, indices, ...])

get_bonded_atoms_from_atom(item[, indices])

get_bonded_atoms_from_bond(item[, indices, ...])

get_bonded_atoms_from_system(item)

get_box_angles_from_system(item[, ...])

get_box_from_system(item[, ...])

get_box_lengths_from_system(item[, ...])

get_box_shape_from_system(item[, ...])

get_box_volume_from_system(item[, ...])

get_chain_id_from_atom(item[, indices])

get_chain_id_from_chain(item[, indices, ...])

get_chain_id_from_component(item[, indices])

get_chain_id_from_entity(item[, indices])

get_chain_id_from_group(item[, indices])

get_chain_id_from_molecule(item[, indices])

get_chain_index_from_atom(item[, indices, ...])

get_chain_index_from_chain(item[, indices])

get_chain_index_from_component(item[, indices])

get_chain_index_from_entity(item[, indices])

get_chain_index_from_group(item[, indices])

get_chain_index_from_molecule(item[, indices])

get_chain_name_from_atom(item[, indices])

get_chain_name_from_chain(item[, indices, ...])

get_chain_name_from_component(item[, indices])

get_chain_name_from_entity(item[, indices])

get_chain_name_from_group(item[, indices])

get_chain_name_from_molecule(item[, indices])

get_chain_type_from_atom(item[, indices])

get_chain_type_from_chain(item[, indices, ...])

get_chain_type_from_component(item[, indices])

get_chain_type_from_entity(item[, indices])

get_chain_type_from_group(item[, indices])

get_chain_type_from_molecule(item[, indices])

get_component_id_from_atom(item[, indices])

get_component_id_from_chain(item[, indices])

get_component_id_from_component(item[, ...])

get_component_id_from_entity(item[, indices])

get_component_id_from_group(item[, indices])

get_component_id_from_molecule(item[, indices])

get_component_index_from_atom(item[, ...])

get_component_index_from_chain(item[, indices])

get_component_index_from_component(item[, ...])

get_component_index_from_entity(item[, indices])

get_component_index_from_group(item[, indices])

get_component_index_from_molecule(item[, ...])

get_component_name_from_atom(item[, indices])

get_component_name_from_chain(item[, indices])

get_component_name_from_component(item[, ...])

get_component_name_from_entity(item[, indices])

get_component_name_from_group(item[, indices])

get_component_name_from_molecule(item[, indices])

get_component_type_from_atom(item[, indices])

get_component_type_from_chain(item[, indices])

get_component_type_from_component(item[, ...])

get_component_type_from_entity(item[, indices])

get_component_type_from_group(item[, indices])

get_component_type_from_molecule(item[, indices])

get_coordinates_from_atom(item[, indices, ...])

get_coordinates_from_system(item[, ...])

get_entity_id_from_atom(item[, indices])

get_entity_id_from_chain(item[, indices])

get_entity_id_from_component(item[, indices])

get_entity_id_from_entity(item[, indices, ...])

get_entity_id_from_group(item[, indices])

get_entity_id_from_molecule(item[, indices])

get_entity_index_from_atom(item[, indices, ...])

get_entity_index_from_chain(item[, indices])

get_entity_index_from_component(item[, indices])

get_entity_index_from_entity(item[, indices])

get_entity_index_from_group(item[, indices])

get_entity_index_from_molecule(item[, indices])

get_entity_name_from_atom(item[, indices])

get_entity_name_from_chain(item[, indices])

get_entity_name_from_component(item[, indices])

get_entity_name_from_entity(item[, indices, ...])

get_entity_name_from_group(item[, indices])

get_entity_name_from_molecule(item[, indices])

get_entity_type_from_atom(item[, indices])

get_entity_type_from_chain(item[, indices])

get_entity_type_from_component(item[, indices])

get_entity_type_from_entity(item[, indices, ...])

get_entity_type_from_group(item[, indices])

get_entity_type_from_molecule(item[, indices])

get_formal_charge_from_chain(item[, indices])

get_formal_charge_from_component(item[, indices])

get_formal_charge_from_entity(item[, indices])

get_formal_charge_from_group(item[, indices])

get_formal_charge_from_molecule(item[, indices])

get_formal_charge_from_system(item[, indices])

get_group_id_from_atom(item[, indices])

get_group_id_from_chain(item[, indices])

get_group_id_from_component(item[, indices])

get_group_id_from_entity(item[, indices])

get_group_id_from_group(item[, indices, ...])

get_group_id_from_molecule(item[, indices])

get_group_index_from_atom(item[, indices, ...])

get_group_index_from_chain(item[, indices])

get_group_index_from_component(item[, indices])

get_group_index_from_entity(item[, indices])

get_group_index_from_group(item[, indices])

get_group_index_from_molecule(item[, indices])

get_group_name_from_atom(item[, indices])

get_group_name_from_chain(item[, indices])

get_group_name_from_component(item[, indices])

get_group_name_from_entity(item[, indices])

get_group_name_from_group(item[, indices, ...])

get_group_name_from_molecule(item[, indices])

get_group_type_from_atom(item[, indices])

get_group_type_from_chain(item[, indices])

get_group_type_from_component(item[, indices])

get_group_type_from_entity(item[, indices])

get_group_type_from_group(item[, indices, ...])

get_group_type_from_molecule(item[, indices])

get_inner_bond_index_from_atom(item[, indices])

get_inner_bond_index_from_system(item)

get_inner_bonded_atoms_from_atom(item[, ...])

get_inner_bonded_atoms_from_system(item)

get_molecule_id_from_atom(item[, indices])

get_molecule_id_from_chain(item[, indices])

get_molecule_id_from_component(item[, indices])

get_molecule_id_from_entity(item[, indices])

get_molecule_id_from_group(item[, indices])

get_molecule_id_from_molecule(item[, ...])

get_molecule_index_from_atom(item[, ...])

get_molecule_index_from_chain(item[, indices])

get_molecule_index_from_component(item[, ...])

get_molecule_index_from_entity(item[, indices])

get_molecule_index_from_group(item[, indices])

get_molecule_index_from_molecule(item[, indices])

get_molecule_name_from_atom(item[, indices])

get_molecule_name_from_chain(item[, indices])

get_molecule_name_from_component(item[, indices])

get_molecule_name_from_entity(item[, indices])

get_molecule_name_from_group(item[, indices])

get_molecule_name_from_molecule(item[, ...])

get_molecule_type_from_atom(item[, indices])

get_molecule_type_from_chain(item[, indices])

get_molecule_type_from_component(item[, indices])

get_molecule_type_from_entity(item[, indices])

get_molecule_type_from_group(item[, indices])

get_molecule_type_from_molecule(item[, ...])

get_n_amino_acids_from_atom(item[, indices])

get_n_amino_acids_from_chain(item[, indices])

get_n_amino_acids_from_component(item[, indices])

get_n_amino_acids_from_entity(item[, indices])

get_n_amino_acids_from_group(item[, indices])

get_n_amino_acids_from_molecule(item[, indices])

get_n_amino_acids_from_system(item)

get_n_atoms_from_atom(item[, indices])

get_n_atoms_from_chain(item[, indices])

get_n_atoms_from_component(item[, indices])

get_n_atoms_from_entity(item[, indices])

get_n_atoms_from_group(item[, indices])

get_n_atoms_from_molecule(item[, indices])

get_n_atoms_from_system(item[, skip_digestion])

get_n_bonds_from_atom(item[, indices])

get_n_bonds_from_bond(item[, indices])

get_n_bonds_from_chain(item[, indices])

get_n_bonds_from_component(item[, indices])

get_n_bonds_from_entity(item[, indices])

get_n_bonds_from_group(item[, indices])

get_n_bonds_from_molecule(item[, indices])

get_n_bonds_from_system(item[, skip_digestion])

get_n_chains_from_atom(item[, indices])

get_n_chains_from_chain(item[, indices])

get_n_chains_from_component(item[, indices])

get_n_chains_from_entity(item[, indices])

get_n_chains_from_group(item[, indices])

get_n_chains_from_molecule(item[, indices])

get_n_chains_from_system(item[, skip_digestion])

get_n_components_from_atom(item[, indices])

get_n_components_from_chain(item[, indices])

get_n_components_from_component(item[, indices])

get_n_components_from_entity(item[, indices])

get_n_components_from_group(item[, indices])

get_n_components_from_molecule(item[, indices])

get_n_components_from_system(item[, ...])

get_n_dnas_from_atom(item[, indices])

get_n_dnas_from_chain(item[, indices])

get_n_dnas_from_component(item[, indices])

get_n_dnas_from_entity(item[, indices])

get_n_dnas_from_group(item[, indices])

get_n_dnas_from_molecule(item[, indices])

get_n_dnas_from_system(item)

get_n_entities_from_atom(item[, indices])

get_n_entities_from_chain(item[, indices])

get_n_entities_from_component(item[, indices])

get_n_entities_from_entity(item[, indices])

get_n_entities_from_group(item[, indices])

get_n_entities_from_molecule(item[, indices])

get_n_entities_from_system(item[, ...])

get_n_groups_from_atom(item[, indices])

get_n_groups_from_chain(item[, indices])

get_n_groups_from_component(item[, indices])

get_n_groups_from_entity(item[, indices])

get_n_groups_from_group(item[, indices])

get_n_groups_from_molecule(item[, indices])

get_n_groups_from_system(item[, skip_digestion])

get_n_inner_bonds_from_atom(item[, indices, ...])

get_n_inner_bonds_from_chain(item[, indices])

get_n_inner_bonds_from_component(item[, indices])

get_n_inner_bonds_from_entity(item[, indices])

get_n_inner_bonds_from_group(item[, indices])

get_n_inner_bonds_from_molecule(item[, indices])

get_n_ions_from_atom(item[, indices])

get_n_ions_from_chain(item[, indices])

get_n_ions_from_component(item[, indices])

get_n_ions_from_entity(item[, indices])

get_n_ions_from_group(item[, indices])

get_n_ions_from_molecule(item[, indices])

get_n_ions_from_system(item)

get_n_lipids_from_atom(item[, indices])

get_n_lipids_from_chain(item[, indices])

get_n_lipids_from_component(item[, indices])

get_n_lipids_from_entity(item[, indices])

get_n_lipids_from_group(item[, indices])

get_n_lipids_from_molecule(item[, indices])

get_n_lipids_from_system(item)

get_n_molecules_from_atom(item[, indices])

get_n_molecules_from_chain(item[, indices])

get_n_molecules_from_component(item[, indices])

get_n_molecules_from_entity(item[, indices])

get_n_molecules_from_group(item[, indices])

get_n_molecules_from_molecule(item[, indices])

get_n_molecules_from_system(item[, ...])

get_n_nucleotides_from_atom(item[, indices])

get_n_nucleotides_from_chain(item[, indices])

get_n_nucleotides_from_component(item[, indices])

get_n_nucleotides_from_entity(item[, indices])

get_n_nucleotides_from_group(item[, indices])

get_n_nucleotides_from_molecule(item[, indices])

get_n_nucleotides_from_system(item)

get_n_peptides_from_atom(item[, indices])

get_n_peptides_from_chain(item[, indices])

get_n_peptides_from_component(item[, indices])

get_n_peptides_from_entity(item[, indices])

get_n_peptides_from_group(item[, indices])

get_n_peptides_from_molecule(item[, indices])

get_n_peptides_from_system(item)

get_n_polysaccharides_from_atom(item[, indices])

get_n_polysaccharides_from_chain(item[, indices])

get_n_polysaccharides_from_component(item[, ...])

get_n_polysaccharides_from_entity(item[, ...])

get_n_polysaccharides_from_group(item[, indices])

get_n_polysaccharides_from_molecule(item[, ...])

get_n_polysaccharides_from_system(item)

get_n_proteins_from_atom(item[, indices])

get_n_proteins_from_chain(item[, indices])

get_n_proteins_from_component(item[, indices])

get_n_proteins_from_entity(item[, indices])

get_n_proteins_from_group(item[, indices])

get_n_proteins_from_molecule(item[, indices])

get_n_proteins_from_system(item)

get_n_rnas_from_atom(item[, indices])

get_n_rnas_from_chain(item[, indices])

get_n_rnas_from_component(item[, indices])

get_n_rnas_from_entity(item[, indices])

get_n_rnas_from_group(item[, indices])

get_n_rnas_from_molecule(item[, indices])

get_n_rnas_from_system(item)

get_n_saccharides_from_atom(item[, indices])

get_n_saccharides_from_chain(item[, indices])

get_n_saccharides_from_component(item[, indices])

get_n_saccharides_from_entity(item[, indices])

get_n_saccharides_from_group(item[, indices])

get_n_saccharides_from_molecule(item[, indices])

get_n_saccharides_from_system(item)

get_n_small_molecules_from_atom(item[, indices])

get_n_small_molecules_from_chain(item[, indices])

get_n_small_molecules_from_component(item[, ...])

get_n_small_molecules_from_entity(item[, ...])

get_n_small_molecules_from_group(item[, indices])

get_n_small_molecules_from_molecule(item[, ...])

get_n_small_molecules_from_system(item)

get_n_structures_from_system(item[, ...])

get_n_waters_from_atom(item[, indices])

get_n_waters_from_chain(item[, indices])

get_n_waters_from_component(item[, indices])

get_n_waters_from_entity(item[, indices])

get_n_waters_from_group(item[, indices])

get_n_waters_from_molecule(item[, indices])

get_n_waters_from_system(item)

get_occupancy_from_system(item[, ...])

get_partial_charge_from_chain(item[, indices])

get_partial_charge_from_entity(item[, indices])

get_partial_charge_from_group(item[, indices])

get_partial_charge_from_molecule(item[, indices])

get_partial_charge_from_system(item[, indices])

get_structure_id_from_system(item[, ...])

get_time_from_system(item[, ...])

get_velocities_from_system(item[, ...])