Path D - Module 53: Capability Matrix & Config#

Verify which trajectory formats support unit cells for membrane wrapping. In this module, you will master the interoperability of biophysics files.

import molsysmt as msm
msm.supported.conversions()
  biopython.PDBStructure biopython.Seq biopython.SeqRecord cupy_ndarray file:bcif file:bcif.gz file:cif file:cif.gz file:crd file:dcd file:fasta file:gro file:h5 file:h5msm file:inpcrd file:mdcrd file:mol2 file:molsys_yaml file:pdb file:pir file:prmtop file:psf file:smi file:structures_yaml file:top file:topology_yaml file:trjpk file:xtc file:xyz file:xyznpy MDAnalysis.AtomGroup MDAnalysis.Topology MDAnalysis.topology.PDBParser MDAnalysis.Universe mdtraj.AmberRestartFile mdtraj.DCDTrajectoryFile mdtraj.GroTrajectoryFile mdtraj.HDF5TrajectoryFile mdtraj.PDBTrajectoryFile mdtraj.Topology mdtraj.Trajectory mdtraj.XTCTrajectoryFile mmcif.PdbxContainers.DataContainer molsysmt.CIFFileHandler molsysmt.GROFileHandler molsysmt.H5MSMFileHandler molsysmt.MolecularMechanics molsysmt.MolecularMechanicsDict molsysmt.MolSys molsysmt.MolSysBuilder molsysmt.MolSysDict molsysmt.PDBFileHandler molsysmt.Structures molsysmt.StructuresDict molsysmt.Topology molsysmt.TopologyDict molsysmt.ViewerJSON molsysviewer.MolSysView networkx.Graph nglview.NGLWidget openff.Molecule openff.Topology openmm.AmberInpcrdFile openmm.AmberPrmtopFile openmm.CharmmCrdFile openmm.CharmmPsfFile openmm.Context openmm.GromacsGroFile openmm.GromacsTopFile openmm.Modeller openmm.PDBFile openmm.Simulation openmm.State openmm.System openmm.Topology parmed.GromacsTopologyFile parmed.Structure pdbfixer.PDBFixer pytraj.Topology pytraj.Trajectory rdkit.Mol string:alphafold_id string:amino_acids_1 string:amino_acids_3 string:pdb_id string:pdb_text string:smiles string:uniprot_id XYZ
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